三尊佛一起供奉的，有两种情况，一种是三世佛，一种是三方佛。这两种情况都是不同的佛，而不是佛的什么身（法身、化身、报身）。
三世佛（图片来源于网络）
三世佛（寺庙中多为这种情况），是佛教中的时间概念，指过去佛燃灯佛主、现在佛释迦牟尼佛主、未来佛弥勒佛主（所以，严格地说，弥勒现在是菩萨位，八大菩萨之一）。一般情况，过去过和未来佛都结说法印，区别是燃灯佛在我们面对的左边，弥勒佛在右边（有可能弥勒佛头上有佛塔标志），释迦牟尼居中间，有可能结说法印，也有可能是成道相（佛左手禅定印、右手降魔印）。根据大乘佛教宇宙观，中央裟婆世界有无数个劫世（几十亿年为一个劫世，可理解为宇宙的产生、灭亡这一个轮回为一个劫世，我们现在的劫世是“贤劫”），每一个劫世都有一位佛主住世。过去劫世有七佛之说（也就是说过去有七劫世，所以有七位过去佛），普遍用燃灯佛主代替过去七佛，所以很多时候过去佛指的就是燃灯佛，因此燃灯佛又称燃灯古佛，就是这个意思。过去、现在、未来三佛的关系分别是师生关系，燃灯佛是释迦牟尼的老师，释迦牟尼是弥勒佛的老师。
三方佛
药师佛（图片来源于网络）
释迦牟尼佛（图片来源于网络）
阿弥陀佛（图片来源于网络）
三方佛，是佛教宇宙中的空间概念，类似于平行宇宙，但又有些不同。佛教中的多个宇宙空间，即是不同于我们现在的宇宙，又有方位之说。三方佛，分别是三方世界的佛主，他们是：东方琉璃光世界，佛主是药师佛（又叫琉璃光如来）；中央婆娑世界，佛主是释迦牟尼；西方极乐世界，佛主是阿弥陀佛。区别是药师佛居于我们面对的左边，一手禅定印托钵（钵中可能有药草）、一手结施予印并持有药丸；释迦牟尼居于中央，为成道相（左手禅定印、右手降魔印）；阿弥陀佛居于右边，双手结禅定印托钵。这三者佛之间有没有关系？可以说没什么关系，比如释迦牟尼和阿弥陀佛在很久远轮回中的前世，曾经是同学关系，这种关系和后世，乃至成佛后，都没有关联。
