一天，宇宙开发中心的上空发现了来历不明的太空船，一名神秘女子出现，中心继而受到两只怪兽的袭击。高斯奥特曼及时出现，但怪兽极之顽强，高斯几乎招架不住，幸得春野武藏之助，二人融为一体后，威力大增，而正当怪兽快被击退之际，另一个奥特曼杰斯提斯忽然出现，他竟然出手阻止高斯保护地球，最后竟令高斯及武藏死于怪兽之手。太空船的目的到底是什么？
原来，神秘女子来地球竟不是为了维持宇宙的秩序，而是要把地球上所有生物全部消灭！为了自救，地球各国各尽办法，但似乎，高斯的死是被提前判了死刑。地球即将毁于一旦，大家没有一点办法，除非奇迹出现…然而，武藏的亲人和队友都坚信高斯和武藏未死，他们四出奔走，希望奇迹真的出现！
