为消除干瘪种子对发芽率的影响，可将拣出的种子放入清水中，浸泡1－2个小时后，去掉浮在水面上的杂物和干瘪种子，取水中下沉的饱满种子用以播种。
牡丹种皮的透水和透气性是影响种子萌发的重要因素，播种前可用50℃温水浸种24－48小时，或用95%酒精浸泡30分钟，或用浓硫酸浸泡2－3分钟，均可软化种皮，促进萌发。但是，浸种后必须用清水冲洗干净。
牡丹播种时间一般在8月下旬(处暑)至9月上旬(白露)之间进行，过早或过迟都会影响种子的萌发率。（牡丹种子萌发对季节的这种依赖性有可能是其对最适温度的反映，芍药属一些植物种子在 15℃时萌发最理想，这一温度非常接近牡丹种子在9－10月胚根显露时的温度。另外，“凤丹”种子的离体胚接种在无菌培养基里，在5℃条件下没有生长反应，10℃生长缓慢，15℃生长快，但在20 ℃下趋向愈伤组织生长。）如因其它原因，不能马上播种时，应将种子与细沙拌匀堆在室内或置入瓦盆内沙藏，沙藏过程中要注意保持湿润，沙藏时间不宜超过15－20天，在种子生根时必须下地。
牡丹播种后一般35－40天开始生根，到来年春分前后开始发芽，此时地温大约4－5℃，清明前后长出地面，5月上旬苗高3－125px，着生3片小叶，进入幼苗期。
