Yamaha在1998年推出的第一代YZF-R1。新的R1取代了原有的YZF-1000 Thunder ACE，成为厂方新的运动型产品旗舰，厂方把它称之为：“不妥协的超级运动机器。”发动机的型式则与上一代相同：水冷四冲程直列四汽缸、DOHC二十汽阀。而作为观众，新车与上一代相比，最大的变化莫过于以往平行的前后座位，变成了一高一低的座位。这表示Yamaha决意将原来此级别的街跑车路线，转往纯运动型的方向。
1999:
与98款相比，1999年推出的YZF-R1在外观线条上作出了更生动的改变，发动机则没有太大的变化，依旧是150匹马力的版本。
2000:
2000年款的R1，车身与发动机均经过了大幅的改良，整车的净重降低了2公斤（175公斤），线条、操控性也经过重新设计，采用了钛合金的排汽管，110.3kw（超过150匹）的最大马力。
2001
2001’YZF-R1是在上一版的基础上，在外观略作改动而成，其他的基本没多大的分别。
2002:
2002年的YZF-R1为其历史翻开了新的一页：开始采用了FI电子燃油喷注系统。同时还有新的、装有三路催化装置的排汽系统，令R1符合欧Ⅱ的排放标准。其他新的设计，还包括了LED后尾灯、置于油箱上半部分的空气过滤盒与外形等。而经过改良的发动机，也令最大马力提升至111.8kw（152匹），全车净重则降低至174公斤。
2003:
2003’YZF-R1在上一款的基础上，线条、图案略作改变而成。
2004:
2004’YZF-R1是该车型历史上的一个里程碑式的款式：每公斤的车重有一匹的马力推动！发动机的缸径x行程，从以往的74mm x 58mm修改为77mm x 53.6mm，压缩比高达12.4：1，最大马力变成126.4kw（172匹），车身净重则由上一代的174公斤降至172公斤。除此之外，采用CF技术制作的DeltaboxⅤ铝合金车架、新型的LCD仪表板、前辐射式刹车卡钳、马达驱动的间接控制油门,尤其是从乘客后座位的屁股伸出来的排汽管，让人瞬间就年轻了十多年，回到了当年要掏尽积蓄之后享受TZR-3MA的时刻。
2005:
除了外观的图案之外，2005年的YZF-R1与一款相比，并无重大的改变。
2006:
2006'YZF-R1,马力较2004'、2005'的版本提高了3匹至175匹,车身长了20mm,全车净重略有增加变成了173公斤.仪表板的上,也增加了可以记录圈速的功能.而外观的图案,渗入了更多Yamaha的传统元素以纪念厂方的五十周年.
同年推出的YZF-R1 SP.
2007:
2007'YZF-R1,采用了在旧有的马达驱动间接控制油门基础上新改良的、源于MotoGP的技术:YCC-T(Yamaha Chip Controlled - Intake)电子控制油门.发动机则由以往每汽缸五汽阀,修改为每汽缸四汽阀,压缩比扩大至12.7:1,最大马力达到了132.4kw(180匹).更轻的离合器、六活塞辐射式的前刹车卡钳,都是07款R1的改变之处.
2008:
2008年的YZF-R1,延续07款的基础,改变了车身的图案继续面向市场.
2009:
2009年YZF-R1。新车经过多了方面的改良，应用了很多MotoGP赛车YZF-M1上的技术。而原有的很多电子技术，诸如Y.C.C-T、Y.C.C-I等等也继续采用。
