学制不同：
三年制专本套读：是指学员在三年专科学习的同时开设全日制自考本科的课程，用三年时间完成专科和自考本科的教学任务，最后取得专科毕业证和自考本科毕业证，较四年制节省1年时间和费用。 四年制自考本科：是指学员先参加两年的自考专科学习，再参加两年的自考本科学习，学习时间为四年。
学习的难度
不同三年制专本套读的专科段教学任务较四年制本科的专科段教学任务轻，专科与自考专科相比学习压力较小，只须通过全国成人高考录取后便可取得专科学籍，其余十余科考试均由学校组考；而自考专科虽不须参加入学考试，但十余科考试的每一科考试都得参加全省统考，学习难度大，但两者最后的自考本科段的学习难度相同。
招生计划和指标不同
三年制专本套读，专科段招生计划和指标须通过国家教育部的审批，不能随意扩招，而四年制自考专科和本科没有招生计划和指标的限制,可随意扩招。
两者的相同点：
1.两种学习方式都能取得国家承认学历的专科，本科学历，两者最后取得本科学历都是自考本科学历，没有任何区别。
2.两者的总学费基本相同，但三年制较四年制节约一年时间和一年日常生活费。 全日制自考学生，课程考试有国家（省）考委，主考学校共同命题，省里统一组织考试全部课程考试成绩合格，有主考院校加盖印章省考委颁发国家承认学历的毕业证书。
