虽然《惊奇队长》是一部以原作漫画为基础改编，但是电影本身的故事并非完全照抄漫画内容，而是从原作的《克里大战斯克鲁》进行大改编，演绎出新生的卡罗尔‧丹佛斯——惊奇队长的故事。惊奇队长是漫威电影中新出的角色，惊奇队长的的故事时间线早于漫威其他超级英雄。
在与克里军队星战部队指挥官甬罗格的争论之后，星战部队成员之一卡罗尔被送到“至高智慧”处。“至高智慧”是一个受到克里星人尊敬的人工智能。从卡罗尔的角度看起来像是一位人生导师，但当我们看完整部电影之后，“至高智慧”背后的真相随之被揭穿
《惊奇队长》电影的主要反派，克里星高阶军官和星战部队的指挥官是裘德洛饰演的甬罗格，甬罗格亲自带领星战部队参加战争。且以杀死迈威尔作为任务中的一环。甬罗格还绑架卡罗尔并训练她，原因是他企图得到卡罗尔的神秘力量。并在电影最后与卡罗尔决战。
《惊奇队长》这个电影与原作漫画中最大的差异在迈威尔。惊奇队长电影中保留了漫画中他的克里星在地球的卧底身份与身为卡罗尔的导师。但是电影中的迈威尔与其说是战士不如说更像一名科学家。电影中她的姓名为温蒂·罗森，而不是漫画中的菲利‧劳森，两人的性别也不同，这个角色在被克里人拦截后被甬罗格所杀。
