1990年10月2日
南方航空一架波音757-200客机（B-2812）准备由广州白云机场起飞前往上海。由于当时白云机场上空有一架厦门航空波音737-300 客机（B-2510）遭劫持，并要求降落，白云机场因而紧急关闭，停止所有航班升降。此时南航当事的 B757 已上满乘客并在停机坪处等候。机场重开跑道。当被劫持的厦门航空B737降落，一切满以为事件得以解决时，厦门航空的B737 于跑道滑行时突然转入停机坪位置，并加速试图再起飞，唯此时厦门航空的 B737 右方机翼已撞及等待起飞的南航B757客机油厢并引发爆炸，南航B757事后断开两节，厦门航空B737-300爆炸后解体，同时撞毁了停泊在停机坪的中国西南航空公司的一架 B707 客机（B-2402），意外造成南航客机上46人死亡，厦门航空客机82人死亡的惨剧。
1992年11月24日
南航编号为B-2523的波音737-300客机在执行CZ3943号由广州飞往桂林的航班时，在飞机下降过程中因为右侧发动机自动油门失灵，而飞行员没有及时介入人工操纵导致左右发动机推力不平衡，最后飞机向右滚转，在广西桂林阳朔撞山后粉碎性解体，机上141人全部罹难，当中亦包括香港人，这是中国民航历史上第二最惨痛的事故。也是波音737-300第三次发生坠机事故，更是历来涉及737-300型客机的第二最严重事故，仅次于2003年发生的闪光航空604号班机空难。
1997年5月8日
南航一架波音737-300客机 B-2925 于执行由重庆飞往深圳的 CZ3456航班，于暴雨的恶劣环境下降落深圳机场时失败坠毁，造成35人死亡，74人受伤。 其中9名机组成员2死，6轻伤，以及重伤1人。
2008年3月7日
南方航空CZ6901班机从乌鲁木齐飞往北京的航班，在起飞二小时后机上有人企图劫持客机，制造空难，被机组人员及时制止，航机及后紧急降落兰州中川机场，全部人无恙。
2015年11月21日
南方航空cz6483航班，早8:25分在沈阳桃仙机场起飞后，乘务员广播通知旅客发现“挡风玻璃裂痕”，需要临时备降青岛机场。上午10时许，班机安全着陆，目前乘客正在机内等待进一步通知。 上午10时25分，乘客被告知，带着全部物品下机等待。
