截止2013年，学校设有40多个科研机构以及150多个科研和教学实验室，其中国家级科研机构21个，包含：国防科技重点实验室2个，国防重点学科实验室2个，国家工程实验室3个，国家级国际联合研究中心1个，国家级国际科技合作基地1个，国家级学科创新引智基地3个 。
国家级科研机构 国防科技重点实验室
水声技术国防科技重点实验室（原“水声技术国家重点实验室” ） 军用水下智能机器人技术国防科技重点实验室国防重点学科实验室 核安全与仿真技术国防重点学科实验室 多体船技术国防重点学科实验室 国家重点实验室原“水声技术国家重点实验室”（现“水声技术国防科技重点实验室” ）国家工程实验室 电子政务建模仿真国家工程实验室 数字化造船国家工程实验室 信息内容分析技术国家工程实验室哈尔滨基地 国家级国际联合研究中心 船舶与海洋工程力学国家级国际联合研究中心 国家国际科技合作基地哈尔滨工程大学国家国际科技合作基地国家CMA实验室 哈尔滨工程大学国家级力学测试中心（国家CMA实验室 ）国家“985工程优势学科创新平台” 现代舰船与深海工程优势学科创新平台（国家“985平台”）国家技术转移中心 哈尔滨船大工程技术设计研究院 （国家技术转移中心）国家海洋技术转移中心哈尔滨工程大学分中心 （国家技术转移中心）国家超级计算中心国家超级计算天津中心哈尔滨工程大学分中心 中国产学研合作创新示范基地哈尔滨工程大学中国产学研合作创新示范基地国家级产业基地、研发中心国家级燃气轮机产业基地国家级特种材料及特殊加工国际合作研发中心 国家级铝镁新材料中试生产技术研究中心 国家级国际科技合作中心中俄船舶与海洋技术合作中心 中国乌克兰高新技术科研中心国家级学科创新引智基地深海工程技术国家级学科创新引智基地（国家“111计划”） 核动力安全与仿真国家级学科创新引智基地（国家“111计划”） 纤维集成光学国家级学科创新引智基地（国家“111计划”） 省部级科研机构 工信部重点实验室先进船舶动力技术重点实验室 船舶导航与控制重点实验室 工信部协同创新中心深海工程与高技术船舶协同创新中心 （2011计划）核动力安全与仿真技术协同创新中心 （2011计划）教育部重点实验室超轻材料与表面技术教育部重点实验室 纤维集成光学教育部重点实验室 教育部工程研究中心 导航仪器教育部工程研究中心 船舶控制工程教育部工程研究中心 船舶动力技术教育部工程研究中心黑龙江省重点实验 黑龙江省国家保密局保密技术重点实验室 水下智能作业技术装置实验室 灾害预警与工程防御实验室 光纤传感科学与技术实验室 船舶科学与技术实验室黑龙江省协同创新中心 舰船动力技术协同创新中心 （2011计划） 先进海洋材料协同创新中心 （2011计划）黑龙江省工程实验室 船舶与海洋控制工程实验室 导航仪器工程实验室 新一代网络信息保障工程实验室 黑龙江省工程技术研究中心现代制造业工程技术研究中心 黑龙江省高校重点实验室 船舶与海洋工程实验室 船舶惯性技术及其导航设备实验室 船舶动力技术实验室（核科学与技术实验室） 结构振动与声学技术实验室 船舶控制及交通信息工程实验室 先进制造技术实验室 船舶控制系统实验室（模式识别与智能系统实验室）原中国船舶工业总公司重点实验室 船舶与海洋工程力学实验室 船舶与海洋工程特辅装置与系统实验室 船舶动力装置与系统实验室 船舶惯性技术及其导航设备实验室 先进制造技术实验室 原中国船舶工业总公司及工程研究中心海洋综合技术工程研究中心 学校以国内第一艘实验潜艇、第一艘水翼艇、第一台舰载计算机、第一套条带测深仪等数十项填补国内空白的重大科研成果著称，以双工型潜器、气垫船、梯度声速仪等成果摘取过世界第一的桂冠。学校在船海核领域保持着很强的技术储备，水下机器人、船舶减摇、船舶动力、组合导航、水声定位、核动力仿真、大型船舶仿真验证等技术居国内领先或国际先进地位，是海军先进技术装备研制的重点单位。
2006到2012年，学校承担国家重大科技攻关、国家和国防“973”计划及“863”计划、国防预研和型号等一大批科研项目，获得国家级科技奖励8项，省部级以上科技奖励260余项。科研产品质量管理通过ISO9000质量体系认证，是国内高校首家通过“双认证”的大学。学校设有国家大学科技园，获评“国家级科技企业孵化器”，科技产业和产学研合作蓬勃发展。2012年科技到款7.60亿元，位居全国重点高校前列。
2013年，科技经费已达8.4亿元人民币，获得多项科研新成果。全年科技共立项873项，总经费6.99亿元。国家自然科学基金立项117项，较同期增长7.3%；总经费5993.5万元，增长1.8% 。
2014年，全年科研到款9.5亿元 ，创历史新高。高技术船舶及海洋工程专项立项20项，连续四年排名全国高校第一；国家自然科学基金立项100项，立项率达到24%创历史新高；国家社科基金重点项目立项3项，位居部属高校和省内高校之首。全年获省部级及以上科技奖励28项，参研的“981”钻井平台获国家科技进步特等奖，2项成果入选国家国防科工局年度重大创新成果。发表SCI检索论文839篇，同比增长24%。申请发明专利920余项，授权超过300项，专利转化有了新的突破，获中国专利优秀奖。顺利通过保密资格认证复查，全年未发生失泄密事件。
2015年，全年科研经费到款突破10亿元 ，军品民品到款比例达到1：1左右。年度学校科研新立项目近1000项，立项经费大幅增长，突破11亿元 。以多功能水下无人航行器、自治式潜器搭载对接系统、船用高精度组合导航系统等一批标志性成果受到国内外广泛关注。学校牵头申报的国家数值水池创新工程专项（一期）获得立项批复，国拨经费2.1亿元，学校作为副组长单位申报的国家船用低速发动机创新工程专项获得立项批复，参加11个专题研究工作，立项国拨经费总计约3亿元。 馆藏资源：截止2013年，图书馆共有藏书295余万册。馆藏文献的学科范围涵盖自然科学、社会科学和人文科学等学科领域，尤以船舶、海洋和核科学等学校重点学科领域的文献见长。
图书馆将“藏、查、借、阅、参”功能有机融合，藏书区由借阅一体书库、样本书阅览室和密集书库组成；报纸和期刊阅览区由报刊阅览室、过刊阅览室、密集刊库组成；数字化资源阅览区由电子阅览室、多功能阅览区及无线网覆盖区域组成。设置了普通阅览区、预约阅览区、研讨阅览区、教师研修室、多媒体教室、报告厅等功能区域。阅览座位近5000席。 学术期刊《哈尔滨工程大学学报》：中文核心期刊、美国《工程索引》Ei收录刊源、英国《科学文摘》数据库（Inspec）、日本《科学技术文献速报》（JST）、俄罗斯《文摘》（AJ）、美国《剑桥科学文摘》（CSA）、《英国海运技术》（BMT） 收录期刊。
《智能系统学报》：中文核心期刊，波兰《哥白尼索引》、英国《科学文摘》、中国科学引文数据库（CSCD）、中文科技核心期刊等重要数据库收录。
《应用科技》《Journal of Marine Science and Application》
