工会工作委员会是地方总工会的派出机构，一般是随当地主管党政机关的性质而定，如某某经济开区工会工作委员会，由于某某经济开区是上级地方组织的临时性机构，不是国务院划定的地方行政机关（如市、县、区），所以不能建立总工会，只能成立工会工作委员会（简称某某工委工会）;
机关工会委员会一般是职能部门或者某个单位内部通过职代会或职工大会推选出来建立的基层工会组织，如某某局机关工会委员会，某某单位机关工会委员会。（简称某某工会或某某机关工会）
两者的区别是工会工作委员会承担和履行的是地方同级总工会的职能，相当于地方同级总工会，是而机关工会工作委员会承担和履行的是基层工会的职能。
