持新版的电子港澳通行证G签的，第一次在深圳罗湖、福田、深圳湾所有口岸过关的时候，不用再去录指纹等过去那套办理E通道的手续，因为在办理的时候已经预录，深圳这边的口岸直接走E通道。将通行证放入E通道的阅读器，通行证有照片的一面朝下面为佳（随便那一面都行），提示取出通行证的提示之后，才能取出通行证卡片，等待第一个闸门打开再进入，然后将拇（左右手均可）指平放于指纹扫描仪上，提示移开手指方可移开，等待第二个闸门打开。感觉新版电子通行证读取的速度比老版本子通行证慢，会显示读取数字。
第一次走香港口岸的时候，不用像过去那样，去单独的录指纹地方，分时间排队办理E通道，而是直接按照正常走人工的柜台直接过关（第一次香港不能走E通道），就等于在香港办理了E通道，所以，没有特别的时间限制（按照关口的开放时间即可），以前是单独的地方排队，还有规定的工作时间限制，现在只有口岸开放的时间内，第一次持新卡过关都没问题。
返回的时候，在香港关口也可以走直接E通道了。第一次在香港关口使用E通道时，同样须将新版通行证插入E通道前方的阅读器，通行证照片的一面朝下面，当阅读过程完成后，你便可进入E通道。进入E通道后，请把已登记的手指（左右手均可）平放于指纹扫描仪上。注意，以前香港只能按食指，现在跟大陆关口一样，按拇指也行。经过我测试，即使是新版的电子通行证，内地游客还是不能走香港居民的E通道。
