首先，初始城镇为未白镇的就肯定不是叶绿版本了
而是同为第三世代的游戏宝石系列（即：红、蓝、绿宝石）
其次此版本中地图不是由劲敌的姐姐处获得，而是由到达卡那兹市后成功挑战完道馆后，剧情触发获得的重要道具领航器中查看地图功能
在红宝石蓝宝石绿宝石版中，为了感激主角从海洋队或熔岩队中夺回了得文的物品，兹伏奇社长将宝可梦导航器交给了主角。在城都地区和宝可梦导航器相似的是宝可梦齿轮，在神奥地区则是宝可表，在合众地区则是C装置。
卡那兹市部分剧情流程如下：
卡那兹市：
进入训练家学校学习战斗相关的知识（与导师互动可获得先制之爪）。
前往居合斩大叔的家可以获得秘传学习器０１（居合斩）。
进入卡那兹道馆，和道馆馆主杜娟进行对战。（获胜后可以获得岩石徽章和招式学习器３９（岩石封锁）。）
离开卡那兹道馆后遇到被抢走得文的物品的职员。
经１１６号道路进入卡绿隧道，在卡绿隧道的入口处遇见被抢走小皮的哈奇老人。
卡绿隧道：
在卡绿隧道里遇见海洋队手下，把他打败后获得得文的物品。
在打败海洋队手下后，哈奇老人会答谢主角并让主角前往他在１０４号道路的住处。
离开卡绿隧道，原路返回卡那兹市。
回到卡那兹市：
把得文的物品归还给职员后会把主角带到得文公司的社长室，并遇到兹伏奇社长。
兹伏奇社长会赠送主角宝可梦导航器，并将给大吾的信和得文的物品托付给主角。
在友好商店附近看见劲敌，对话后进入二回战。
离开卡那兹市前往１０４号道路哈奇老人的家，并乘船前往武斗镇。
