同学你好！先纠正你一个比较大的错误，交通工程与交通运输工程两者既有联系又有区别。
在我国的学科教育分类中，交通运输工程为一级学科，其下分为四个二级学科，分别为：道路与铁道工程、交通信息工程及控制、交通运输规划与管理、载运工具运用工程。以上四个二级学科均为我国的硕士与博士所开设的专业；另外，在交通运输工程这个一级学科下开设的本科专业有：交通工程、交通运输、油气储备工程、航海技术等（具体有几个我记不清楚了）。
再说说，这几个学科之间的关系。本科为交通工程的，硕士专业可选交通运输规划与管理、交通信息工程及控制以及道路与铁道工程；本科为交通运输的，硕士可选载运工具运用工程或者交通运输规划与管理。
最后结合你的现状说一说怎么选择。你本科是交通运输，，如果硕士研究生能选载运或者交规的话属于对口的，但是你觉得这有点虚，学不到真本事，那建议你选择道路与铁道工程专业，这个专业能够学到比较实的东西，主要是道路与铁路的设计、施工等。在我国的众多高校中，道铁专业比较好的有：同济大学、东南大学、西南交通大学、北京交通大学、长安大学等。其中同济大学、西南交大与北京交大研究方向是铁路，而东南大学与长安大学主要研究公路。这几个学校的就业应该不成问题，主要进一些设计院的居多！
写了那么多，希望你能明白，也希望这些对你能有帮助，谢谢！
