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两种检查的侧重点不同：结肠镜检查的是直肠、结肠、盲肠、和回肠末端。胶囊内镜检查的是全消化道。
肠镜可以根据病变的具体情况转换观察模式、对可疑部位重点观察，发现病变可以取病变组织进行进一步观察，但胶囊内镜仅能进行拍照观察，无法实现取活检等操作。
结肠镜是一根管子（肠镜管）进入肠腔，医生操作管子的末端（操作部）进行检查。胶囊内镜是一颗药物胶囊似的摄像头进入肠腔，在肠腔内不停地自动拍照，检查完后胶囊依靠肠腔的运动排出体外。
结肠镜检查有腹痛和腹胀的不适，胶囊内镜没有不适。
结肠镜检查的时间10-30分钟，当时可以得到结果。胶囊内镜的检查时间8小时，结束后还需医生长时间的看图片才能得到结果。
检查费用不同，结肠镜300元左右，OMOM胶囊内镜大概费用在3000元左右。
