学科建设是医院建设中最重要的组成部分，我们确立的基本思路是：坚持以人为本，坚持科教兴院，推出品牌科室，打造优势学科，强化内涵建设，培养优秀人才。从上世纪90年代中期开始，医院和北京天坛、积水潭、安贞、北大口腔等多家医院建立了业务协作关系，通过引进来，走出去的方式培养和造就了一批学科技术骨干。同时，由于医院发展较快，陆续从赤峰市各兄弟医院吸引了数十名业务技术骨干，从而带动一大批学科群迅速崛起，在培养、引进学科技术骨干的同时，医院积极为其打造创业平台，积极扶植各专业，瞄准自治区先进水平，开展与各兄弟盟市医院业务技术交流，提升专业技术水平，收到明显成效。其中心内科、泌尿外科、心胸外科、神经外科、骨外科、普外科、妇产科等先后成长为赤峰市的强势学科。
