影响印度和巴基斯坦关系的主要障碍是克什米尔问题，印巴两国为了该地区的归属问题曾打过三次大仗。
第一次印巴战争
1947年10月，克什米尔土王哈里·辛格宣布，该地区将归属印度，并已经和印度签署了正式合并协议。印度军队随后进入克什米尔地区，同受巴基斯坦支持的穆斯林武装展开激战。这场冲突愈演愈烈，终于在同年底发展为印巴双方的大规模军事冲突，即第一次印巴战争。最终印军从巴基斯坦武装手中终于夺回了有着重要战略价值的乍吉山口，打通了克什米尔东西的联系。应该说第一次印巴战争印度取得胜利。
战争最终没有解决克什米尔问题，印巴两国不得不把该问题提交给联合国大会和安理会。1948年8月13日和1949年1月5日，安理会两次决定克什米尔问题交由克什米尔人民自己来决定。但是，印度认为，克什米尔问题已经由1947年10月26日其土王与印度签署的协议解决，而反对由全民公决来决定其归属。
1949年7月29日，印度与巴基斯坦签署协议，在克什米尔地区划定停火线。
第二次印巴战争
第二次印巴战争又称作“第二次克什米尔战争”，印巴双方没有正式宣战就匆匆进入了战争状态。1965年8月初，克什米尔游击队和印度军队在印巴停火线附近发生激烈交火。随后巴基斯坦正规部队在8月14日也卷入冲突。印巴两国军队在克什米尔停火线附近山地展开交战，印度军队在猛烈炮火支援下攻占了巴方控制线一侧的多处山岭。双方在战斗中动用了空军支援地面战斗并展开激烈空战。最终巴军不仅在南部击退了攻入巴基斯坦国境的印军，而且乘势推进到印度国境内6千米，共占领了约1200平方千米的印度国土。因而第二次印巴战争巴基斯坦获胜。
1965年9月20日，在联合国的调停下，印度和巴基斯坦于9月23日同时宣布：接受联合国的调停,全线停火。1966年1月4日至9日,在苏联政府的斡旋下，印巴两国同意撤退到1965年8月5日前所在地区。第二次印巴战争就此结束。
第三次印巴战争
11971年11月21日，印军向巴基斯坦发起突然进攻，印巴战争爆发。23日，巴总统叶海亚·汗宣布全国处于紧急状态，巴军全力抗击印军。战争在东巴和西巴两个战场展开。印度的战略企图是，东攻西守，以夺占东巴为最终目标。巴基斯坦的战略指导方针则是全力固守各战略要地，以此粉碎印军的突击行动。在三个作战方向的印军先后完成对达卡合围攻击的作战准备后，印军开始向达卡发起总攻。12月15日，印军完成从东、西、北三个方向对达卡的合围，海、空军则从海上和空中实施严密封锁，完全切断了东巴与西巴以及外部的任何联系。在这种情况下，东巴守军于12月16日向印军投降，东巴战场的攻防作战遂告结束。 因此印度于12月17日宣布，在西巴地区实行“单方面停火”。巴基斯坦接受了印度的停火建议，西巴战场的作战行动至此结束。 所以第三次印巴战争印度成为胜利方。
第三次印巴战争结束后，东巴脱离巴基斯坦，成立了孟加拉共和国。此外印度还占领了巴控克什米尔地区的320平方公里的土地。1972年7月，印巴签署了《西姆拉协定》，双方同意在查谟和克什米尔尊重1971年双方停火后形成的实际控制线。
