主板电池主要用来让主板BIOS芯片在断电时也能够存储CMOS信息，跟板载USB接口没有直接联系。
楼主的描述不够确切，因为电脑后面的USB接口也分为板载原生接口和扩展USB接口。板载原生接口就是做在主板输出面板上，和网卡声卡等接口放在一起的
扩展USB接口是通过附加USB接口条板安装在电脑机箱PCI接口部分的，在电脑内部用跳线类接线连接在主板扩展USB端口上。
所以从楼主描述不能直接判断具体问题。
如果是板载原生接口没有响应，应该到电脑硬件管理器里看一下，有没有USBHub或者某个总线控制器出现惊叹号图标，如果有的话则重装主板驱动盘里的相关驱动，或者直接更新USB3.0的驱动程序试一下。假如出现惊叹号的硬件错误，在重装最新版驱动程序后仍无法解决，则有可能是硬件问题或者某个接口短路，建议送修。
如果是附加USB接口没有响应，应该打开机箱盖，检查附加USB接口条板连线至主板的端口是否有松动或者断线，建议重新插拔或者换一组端口接驳。
原生接口的话，是USB2.0的不能用了还是USB3.0的不能用了——还是都不能用了？楼主试过更新驱动了么？
