如果是周六上午从上海出发，坐动车组2小时到南京站（主意，是南京站。南京有好几个站），不用出站，可以直接乘坐地铁。坐到 玄武湖站 ，旁边就是全国著名的步行美食购物街 湖南路 ，可以在那里吃个饭，然后去玄武湖玩玩，一个下午甚至半个下午也足够了。坐地铁到 三山街 或者 张府园 ，打车到夫子庙。 夫子庙主要是晚上好晚，是一个可以边吃边逛的地方。可以住在夫子庙附近，那边旅馆不少的。第二天早上还可以尝尝秦淮小吃。
第二天可以上午去中山陵，下午去总统府。总统府在南京市的市中心，交通非常方便。如果时间充裕，上午还可以顺带去一下明孝陵。中山陵和明孝陵都在紫金山上，可以一起玩掉。
当然，你也可以第一天到的时候，不去玄武湖，直接去总统府。然后第二天上午先去雨花台烈士陵园。那里其实虽然叫烈士陵园，修的很大气，很漂亮。而且离你住的地方夫子庙很近。去过了之后去中山陵。
总统府在南京市中心，交通很方便，旁边是一个酒吧饮食区，叫1912，有点像上海新天地，晚上可以在那里玩玩，或者回夫子庙，那里有一个水游城，也差不多这个类型，集饮食娱乐购物于一体的。你如果要休闲购物的地方，可以考虑有空走走这两处，反正都很方便的。
纪念品的话，数南京的云锦比较有特色。你总不可能帮同事扛两块雨花石吧？这些东西，夫子庙应该都有的...不过更好的办法是回上海之后，上淘宝买...自己从南京扛回上海多麻烦...
我是在上海读书的南京人，所以知道南京和上海差别很大，给你一些建议：
1、南京面积较小，所以景区之间的交通会很方便。甚至可以全用出租车，不会太贵，一般十几块钱也就搞定了。（相对于上海而言）
2、南京的公交车都是无人售票的，只能前门上车，自主投币。而且全程都是一块或者两块（空调车两块）。之所以强调这一点，是因为我现在在上海，上海都是有人售票，而且不同站不同价。如果在南京，你愿意坐公交车的话，多准备一些零钱。
3、南京的地铁票长的很小，和一块钱硬币一样大，小心别弄丢了...
4、住宿来南京订就好了，国庆过了是淡季，不紧张了。
祝你玩的愉快。
