皮卡丘埋游 － 小智最初的伙伴，具有顽强的性格，不愿意进入神奇宝贝球也不愿进化，起初与小智并不友好，在与烈雀的战斗中和小智建立了坚不可摧的友情。在皮卡丘离开小智的时候，它就负责起照看其他神奇宝贝的任务。除了小智一行人的神奇宝贝外，最要好的朋友就是一对皮丘。最初在EP001中出现。拿液激绝招：电击、十万伏特、打雷、电光一闪、铁尾、高速移动,高压电击
比比鸟 → 比雕 － 在EP003中，小智收服的第二只神奇宝贝，在关东地区的旅行中，比比鸟参加了一系列的道馆和联盟的比赛。EP082中，它为了保护常磐森林的波波和比比鸟进化成了比雕，并打败烈雀与大嘴雀群，并离开小智。绝招：烈暴风、飞沙脚、啄、翅膀攻击、旋风、电光一闪、旋转。
绿毛虫 → 铁甲蛹 → 巴大蝴 － 在EP003时，小智第一个收服的神奇宝贝。它喜欢小霞，但小霞却讨厌虫。在阻止火箭队的袭击中，它进化成了铁甲蛹。很快在EP004打败大针锋后进化成了巴大蝴。在EP021中，它与一只粉色的雌性巴大蝴邂逅，并离开了小智。绝招：冲击、吐丝、硬梆梆、睡眠粉、麻痹粉、旋风。
妙蛙种子 － 小智在EP010中得到的神奇宝贝，是继皮卡丘后在小智手上最久的神奇宝贝。在不思议花园中，妙蛙种子拒绝了进化。在EP226中，妙蛙种子回到了真新镇成为维持周边神奇宝贝和谐相处的守护者。妙蛙种子获得过草系神奇宝贝锦标大会亚军。之后更曾参加城都联盟和对战开拓区的比赛。顺带一提的是,妙娃种子是唯一曾在芳缘地区出现过的神奇宝贝。绝招：冲击、寄生种子、藤鞭、飞叶快刀、睡眠粉、阳光烈焰，挖地洞
小火龙 → 火恐龙 → 喷火龙 － 小火龙本是被另一位训练家抛弃的神奇宝贝，EP011中小智在雨中搭救使得小火龙最终加入了小智的队伍，在 EP042中打败椰蛋树军团后进化为火恐龙。进化后，火恐龙开始有些不听话，在EP045中，为了从化石神奇宝贝中救出小智，火恐龙进化成了喷火龙与化石翼龙战斗。随后喷火龙便不再听从小智，并因此使小智在神奇宝贝联盟石英大会的八分之一决赛时输给了阿弘。在橘子群岛曾经被冰冻，小智的悉心照料终于感动了喷火龙。喷火龙也成为了小智的主力。在EP135中，为了让喷火龙更好的修行，小智将它留在了喷火龙山谷。其后在烟墨道馆快暴龙暴走事件、城都联盟白银大会、对战工厂的比赛和对战金字塔的比赛中，喷火龙都有出现，并发挥了重要作用。绝招：喷射火焰、地球上投、龙之怒、旋风、愤怒、龙吸、火箭头槌、火焰漩涡、重击、瞪眼、燃烧殆尽、钢之翼。
杰尼龟 － 它本是在枯叶市附近制造麻烦的杰尼龟军团之首，在EP012中被小智收服。以它为首杰尼龟消防队曾经制造过许多麻烦，后来从良成为杰尼消袜龟消防队。在EP148的神奇宝贝消防大赛中，遇上杰尼龟消防队，之后便返回队中。之后曾经回来参加城都联盟和对战开拓区的比赛。绝招：冲击、水枪、泡沫光线、缩壳、火箭头槌、水炮。
大钳蟹 → 巨钳蟹 － 小智在EP013收服的第七只神奇宝贝，一收服就被传送回大木博士研究所，个头要比小茂的大钳蟹小得多。在EP076中因打倒多武的椰蛋树进化成为巨钳蟹，与大木博士的感情似乎比小智还要好,可能因为小智比较少用它,只用过三次。绝招：瞪眼、泡泡、剪断、践踏、破坏死光、螃蟹拳、硬梆梆、水枪
拉达 － EP015中，小智参加了圣安奴号上举办的大会，并将巴大蝴与一个训练家的拉达交换，后来小智又换回巴大蝴。绝招：愤怒门牙。
火爆猴 － EP025，小智遇到它还是一只猴怪，为了追回帽子，小智与它战斗，并收服了它。火爆猴起初并不听从小智的命令。在EP029的P1杯格斗大赛中，小智对火爆猴的救助最终感动了他。后来小智决定让它留下来接受训练，成为真正的P1冠军。绝招：百万吨飞腿、手刀、地球上投、疯狂乱抓、搔痒、横冲直撞。
