齐齐哈尔工程学院设机电工程系、交通工程系、建筑工程系、信息工程系、管理工程系等五个系；
齐齐哈尔工程学院是教育部批准、具有高等学历教育招生资格的民办普通高校。学历层次：本科。隶属齐齐哈尔市人民政府，成为市属地方本科高校。
机电工程系现设有机械设计制造及其自动化、电气工程及其自动化、材料成型及控制工程3个本科专业，另有数控技术、机械制造与自动化、电气自动化技术、机电一体化技术4个专科专业，其中数控技术专业是国家级教学改革试点专业，是齐齐哈尔工程学院极具行业特色的龙头专业。
交通工程系成立于2008年9月，由汽车服务工程（本科）、交通运输（本科）、车辆工程（本科）、汽车运用与维修技术（专科）、汽车营销与服务（专科）、汽车电子技术（专科）等专业组成，其中汽车服务工程专业、汽车运用与维修技术专业、汽车电子技术专业为院级精品专业。
建筑工程系于2008年9月成立，截至2017年，开设土木工程、工程管理、风景园林3个本科专业与建筑工程技术、工程造价、道路桥梁工程技术、工程测量技术4个专科专业，根据学院发展的需要和市场需求，建有建材、材料力学、土工、流体力学、结构力学、土壤、消防等9个实验室。
管理工程系组建于2003年。现有电子商务、英语、财务管理、护理学、市场营销、食品质量与安全6个本科专业，会计、物流管理2个专科专业。
信息工程系现有计算机科学与技术、视觉传达设计、环境设计和电子科学与技术4个本科专业，有软件技术、计算机应用技术、环境艺术设计、动漫制作技术、应用电子技术和旅游管理6个专科专业。
