1、分类不同
因公护照包括三种类型的护照：外交护照、公务护照和因公普通护照。而因私护照就是日常中国公民出国所使用的普通护照。
2、颁发对象不同
因公护照的颁发对象主要是公务人员：
外交护照主要颁发给中国党、政、军高级官员，全国人民代表大会、政治协商会议和各民主党派的主要领导人，外交官员、领事官员及其随行配偶、未成年子女和外交信使以及其他经外交部批准可持用外交护照人员等。
公务护照主要颁发给各级政府部门县（处）级以上官员、派驻国外的外交代表机关、领事机关和驻联合国组织系统及其专门机构的工作人员及其随行配偶、未成年子女等。
因公普通护照颁发给上述人员以外的其他公务员和参照公务员标准管理机构中的其他人员，以及国有（控股）企事业单位的因公出国人员。
而因私护照的颁发对象是中华人民共和国的普通公民。
3、颁发机关不同
因公护照的颁发机关为外交部和外交部授权的各省、自治区、直辖市人民政府外办；而因私护照是由中华人民共和国公安部或者公安部委托的地方公安机关，以及驻外使、领馆和驻香港、澳门公署颁发的。
参考资料来源：百度百科-因私普通护照
参考资料来源：百度百科-因公护照
