文秘档案整理的程序主要包括以下四个环节：
1、区分归档与不归档的档案盒（案卷） 按照归档范围和不归档范围的规定，把不归档的、留存在本单位供工作参考的档案盒（案卷）与应归档的档案盒（案卷）区别开来，把应归档文件的档案盒（案卷）移交档案部门。
2、编制移交目录：就是把归档文件目录或案卷目录复印成一式三份，移交部门一分，接收部门一份，以便双方核对、检查。另一份留存在档案盒或案卷内。 在移交目录后还应附有《移交备考表》，内容包括：档案盒（案卷）总数、移交人、接收人、交接时间等项目。
3、查验收归档档案盒（案卷） 移交时，档案管理部门要对档案盒（案卷）进行严格检查。检查包括两主面的内容：
（ 1）检查档案盒（案卷）质量。
（2）检查档案盒（案卷）内文件的数量。
4、办理移交手续：归档文件的档案盒（案卷）检查完毕，对符合要求的档案盒（案卷）就可以办理具体移交手续。具体移交时，交接双方各拿一份移交目录，按照目录的内容清点归档文件的件号、盒号或页号、卷号；核对无误后，双方均应在三份移交目录和移交备考表上签字；将三分清单分别交由交接双方：一份文书部门或业务部门留存备查；两份存档案部门。
