第一步：在机构所在地主管税务机关开具《外出经营税收管理证明单》，带上合同一起到上海工程所在地主管税局办理报验登记；
第二步：工程完工到上海工程所在地主管税局办理工程结算税款预交。根据财税【2016】36号规定：一般纳税人跨县(市)提供建筑服务，适用一般计税方法计税的，应以取得的全部价款和价外费用为销售额计算应纳税额。纳税人应以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额，按照2%的预征率在建筑服务发生地预缴税款后，向机构所在地主管税务机关进行纳税申报。
因此，贵公司如果是一般纳税人，应预缴税款=(全部价款和价外费用-支付的分包款) ÷(1+11%)×2%
预缴税款时，需提交以下资料：
（一）《增值税预缴税款表》；
（二）与发包方签订的建筑合同原件及复印件；
（三）与分包方签订的分包合同原件及复印件；
（四）从分包方取得的发票原件及复印件。
第三步：预交2%增值税后，会机构所在地主管税务机关进行纳税申报，并开具增值税发票。
