iPhone6s和iPhone6s plus之间最大的区别就在于屏幕的尺寸问题，其他功能方面大致一样。配置方面，iPhone6s搭载64位苹果A9处理器，使用新的晶体管架构，号称比A8快70%，GPU比A8快90%，分别是“桌面级别”和“主机级别”。内置M9动作协处理器，Siri可被随时唤醒，不用插电，另外Touch ID也升级到第二代。存储空间还是16GB起。
摄像头部分，iPhone6s采用全新的1200万像素摄像头，比之前的像素多50%，但摄像头依然凸起，苹果称其自动对焦功能更快，采用全新的Deep trench isolation技术，色彩还原更加准确，同时支持4K视频录制。前置500万像素摄像头，自拍时屏幕亮度可增强3倍，当闪光灯来用。
