最主要就是1，在外观上：micro atx 比ATX的整体尺寸要小，很多准系统用的就是这种micro atx 主板2功能上：micro atx在功能和扩展性上 比ATX的主板要精简一些，比如PCI插槽，micro atx一般就提供1个最多2个； 还有就是Micro ATX结构主板可以装在Micro ATX/ATX这两种机箱,而ATX的板则只能用ATX的机箱 Micro-ATX和ATX只是主板尺寸的两种规格，和做工用料以及性能没有任何的关系。他们适用于不同的市场。Micro-ATX尺寸较小，没有非常充裕的空间安装复杂的散热系统或者很多扩展插槽（内存，板卡等等），所以一般采用集成芯片组，面向对主机尺寸或主板成本有较高要求的用户。而ATX主板由于尺寸宽大，有充裕的空间可以随意的选择各种芯片组，灵活的搭配不同的扩展插槽配置以及散热器设置以及板载芯片等等。面向一般主流用户。所以两者没有可比性。
不过由于Micro-ATX多采用高度集成的设计，并且由于使用Micro-ATX主板的用户机箱都很小，不太可能安装高功耗高性能的高端处理器和高端显卡，所以相对来说Micro-ATX供电设计和用料并一般都不豪华，但是并不能因此就说Micro-ATX用料缩水，性能不佳，一款一线大厂设计出色的Micro-ATX集成主板性能有可能比二线看起来做工养眼的全尺寸ATX主板的性能好很多。主板的性能主要还是由使用的芯片组和设计水平决定的，和主板尺寸没有什么关系。
