威廉·凯特尔1941年5月，凯特尔签署臭名昭著的《关于政治委员的命令》，授权德军战地指挥官处决被俘的共产党军官，而毋需经过任何军事法庭审判。有不少将军指责这是犯罪性命令，但凯特尔对这项命令没有任何异议，坚持绝对服从。1941年7月27日，凯特尔还签署命令，赋予党卫队头目希姆莱以绝对权力，在苏联实施上述计划。这导致在苏联沦陷区实施大规模恐怖行动，大肆屠杀战俘和平民。1942年9月，凯特尔建议任命曼斯坦因或保卢斯为德军总参谋长，但希特勒不予理睬而任命蔡茨勒。12月16日，凯特尔向武装部队再次发布指令，声称：“为了确保胜利而不受限制地使用任何方法，甚至是对付妇女与儿童的，都是合理的，并且是军队的义务。任何宽恕行为都是对德国人民的犯罪。”他还签署希特勒的《夜与雾命令》，在被占领的国家特别是法国与低地国家，实行恐怖。许多有反纳粹嫌疑的人，消失于夜雾中，被盖世太保暗杀。凯特尔同意处决荷兰举行罢工的铁路工人，屠杀苏联的犹太人，杀戮各地有抵抗嫌疑的人士。凯特尔还鼓励德国平民杀害被俘的盟军飞行员，说：“我反对法律程序，因为它毫无作用。”凯特尔下令对非军事行动地区或靠近战场的地方被俘的盟军飞机员当做间谍处死。凯特尔赞同将不执行命令的德国将军不经审判就逮捕或枪决。凯特尔甚至不顾外交部长里特洛甫的反对（后者认为是明显地违背国际法的），主张在苏联战俘的臀部刺字，只是由于某集中营指挥官指出这样会使苏联人采取报复措施，如在德国战俘前额上刺字，他才取消这一念头。 凯特尔对希特勒的某些做法和政策亦曾提出异议，两人因而发生过冲突，但前者最后都屈从于后者，忠实地执行命令。1939年10月，凯特尔赞同布劳希奇和哈尔德反对在冬季发动侵略战争的主张，希特勒大为恼火，指责凯特尔参加反对他的阴谋。凯特尔因而提出辞职的请求，但希特勒不接受，劝他留任。他私下向希特勒表示今后绝对服从命令。早在1941年12月，凯特尔在私下就说过，1942年夏季进攻可能失败，但不敢向希特勒提出。当第6集团军被围困在斯大林格勒附近的时候，希特勒不许它突围。凯特尔支持希特勒驳回魏克斯、曼斯坦因、里希特霍芬和所有第6集团军指挥官的反对意见。凯特尔通过这样的举动保护自己的地位，尽管他也知道那样的决定是危险的。1943年1月31日，保卢斯和他的第6集团军余部投降，德国损失了无法弥补的23万人。此后，凯特尔赞同希特勒发布的所有“不惜任何代价坚守阵地”的指令。希特勒在军事指挥上的一意孤行给德军带来了灾难性的后果：促成上述失败的决策不是凯特尔制定的，但是他盲目服从希特勒，签署了这些决定。凯特尔实际上未能影响希特勒的任何战略决定。
当1944年7月20日施陶芬贝格的炸弹在元首的会议室爆炸时，凯特尔正在希特勒的背后。他用身体扶住受伤的希特勒，并把他送到医疗室。凯特尔坚决镇压这次未遂政变的参与者（或嫌疑犯），下令逮捕弗罗姆上将和维茨勒本元帅等人。凯特尔后来被希特勒任命为“军官荣誉法庭”庭长，该法庭决定将这次密谋参加者处以死刑。1944年10月，在迫使隆美尔元帅自杀的过程中，凯特尔也扮演了重要角色。
