基督教与天主教的冲突，准确说是东正教和天主教的冲突的原因有三：
1、芥蒂始于罗马帝国分裂
自公元1世纪发端后，早期的基督教一度遭到罗马帝国的压制与迫害，直到公元4世纪才逐渐确立合法地位。而随着地位的提高，加上罗马帝国政局的变化，基督教内部开始分裂。392年，狄奥多西一世宣布基督教为罗马帝国国教，反对一切异教和天主教会以外的基督教派。
395年，罗马帝国分裂为东罗马帝国和西罗马帝国。476年，西罗马帝国在蛮族入侵的浪潮中衰亡，而定都于君士坦丁堡的东罗马帝国则成为罗马帝国实际意义上的继承者，直至1453年覆灭。
由于帝国政治中心的转移，原本地位最高的罗马教会日益受到君士坦丁堡教会的挑战。基督教世界形成东西两大部分，东部以君士坦丁堡大主教为首，西部则以罗马大主教为首。由于在教义、语言、仪式、组织乃至政治诉求等方面都存在分歧，东西两大教会的矛盾也日益尖锐。
实际上，两大教会长期争论不休的话题，主要集中在一些极其琐碎的细节，为了彰显各自的权威性，双方不仅在这些琐碎的神学问题上斤斤计较，还长期为了争夺势力范围和主导地位而摩擦不断。这种矛盾经过数百年的发酵，终于酿成公开决裂。
2、1054年的大分裂
1054年7月16日，对于基督教而言无疑是一个特殊的日子。这天早上，罗马教皇利奥九世派出的三位代表来到君士坦丁堡圣索菲亚大教堂，他们旁若无人地径直走向圣坛，将一份教皇颁发的敕令放在上面，然后扬长而去。
当时，君士坦丁堡大主教米迦勒·赛鲁拉里正率领手下准备进行圣餐仪式。当人们打开那道敕令后，发现里面的内容居然是——罗马教皇宣布，将君士坦丁堡大主教及其数名追随者逐出教会，理由是他们拒绝在神学上服从罗马教皇并承认其在基督教世界的最高地位。消息一经传出，整个君士坦丁堡顿时愤怒了。
面对情绪激动的全城民众，君士坦丁堡大主教当即将敕令烧毁，他当场咒骂罗马教会的行径“如同野猪”，前来东方玷污真理，并同样下令将三位教皇代表逐出教会。这戏剧性的一幕，正式宣告东西方教会的决裂，史称“大分裂”。此后，东方教会称为希腊东正教，西方教会则称为罗马天主教，双方在各自的势力范围内走上了不同的发展道路。
3、十字军东征惨剧加深裂痕
两大教会分裂后，罗马天主教会在西欧逐渐演变成政教合一的势力，甚至曾短暂凌驾于各国世俗王公之上。东正教则由于东罗马帝国的日渐衰落，不得不面对外族入侵的困境。
当时，为了抵御伊斯兰国家的入侵，东罗马帝国皇帝曾多次试图调解两大教会的关系，希望基督教世界能团结起来一致对外，但结果适得其反。十字军东征期间，原本宣称是基督教徒对穆斯林的圣战，居然一度演变为基督教徒间的自相残杀。
经过十字军的蹂躏，东罗马帝国彻底走向衰落。1453年，奥斯曼土耳其大军攻陷君士坦丁堡，东罗马帝国宣告灭亡。尽管东正教仍得以保存，但作为其象征的圣索菲亚大教堂被改为清真寺。于是，一部分东正教教徒转而北上，寻求新的发展空间。
1472年，莫斯科公国的伊凡三世迎娶了末代东罗马帝国皇帝君士坦丁十一世的侄女，自视为罗马帝国的继承者，俄罗斯东正教会的地位随之不断上升，逐渐取代希腊东正教会的地位。
扩展资料
历史终将过去，近几十年来两派的分歧在逐渐弥合。
尽管在一些神学及教皇权威问题上难以消弭分歧，但罗马天主教会与东正教会的关系还是日益密切起来。值得一提的是，前任罗马教皇约翰·保罗二世于1999年5月访问罗马尼亚，与当地的东正教主教会面，成为自从1054年东西教会分裂之后，第一位拜访东正教国家的教皇。
2001年，约翰·保罗二世又成为1291年以来首位到访希腊的教皇。对于第四次十字军东征，他公开表示：“过去和现在，天主教会的子女在行动和过失上，对东正教弟兄姊妹所犯下的罪行，向天主请求宽恕”，君士坦丁堡东正教会的牧首也在不久后接受道歉。此次罗马教皇与俄罗斯东正教大牧首会晤，无疑是两大教派进一步走向和解的新步伐。
罗马天主教教皇方济各和俄罗斯东正教大牧首基里尔在2016年2月12日在古巴哈瓦那举行了两个小时的会晤并签署联合声明，堪称基督教历史上具有里程碑意义的事件。
