霉菌的繁殖方式有营养繁殖、无性繁殖和有性繁殖三种。
(1)营养繁殖。由菌丝中间个别细胞膨大形成的休眠孢子，其原生质浓缩，细胞壁加厚，可抵抗高温与干燥等不良环境条件。待环境条件适宜时，萌发成菌丝体，如毛霉属中的总状毛霉（Mucor recemosus）。
(2)无性繁殖。主要产生节孢子、分生孢子和孢囊孢子。
①节孢子。由菌丝断裂形成。如白地霉（Geotrichum Can-didum）。
②分生孢子。在菌丝顶端或分生孢子梗上，以类似出芽的方式形成单个或成簇的孢子。青霉（Penicillium）、曲霉（Aspergi-llus）、木霉（Trichoderma）和交链孢霉（Alternaria）等大多数毒菌均靠分生孢子繁殖。
③孢囊孢子。由气生菌丝或孢囊梗顶端膨大，并在下方生出横隔与菌丝分开形成孢子囊，在孢子囊内形成孢子。产生孢囊孢子的霉菌均属藻菌纲。
(3)有性繁殖。主要产生卵孢子、接合孢子和子囊孢子。
①卵孢子。菌丝分化成卵囊和精囊，由精子和卵配合形成了卵孢子。
②接合孢子。由两个相邻菌丝上的配子囊接合而成，如毛霉目（Mucorales）。
③子囊孢子。子囊菌纲的霉菌经有性配合后，形成子囊，在子囊内产生孢子。
霉菌的有性繁殖不象无性繁殖那样经常与普通，多发生于特定条件下，在一般培养基上不常出现。
