不同点表现在下列三方面：
(1)激活物不同：
经典途径的激活物为抗原与抗体(IgM或IgG1-3)形成的复合物；
旁路途径的激活物为细菌脂多糖、肽聚糖、酵母多糖、凝聚的IgG4、IgA等。
(2)参与成分不同：
经典激活途径的参与成分为C1－C9,并需Ca2+、Mg2+,而且C3转化酶为C4b2b,C5转化酶为C4b2b3b；
旁路激活途径为C3、C5-C9,以及D因子,B因子和P因子,只需Mg2+,并且C3转化酶为C3bBb(p),C5转化酶为C3bnBb(p)。
(3)在抗感染免疫中发挥作用不同：
经典激活途径是在特异性体液免疫的效应阶段发挥作用；
旁路途径参与非特异性免疫,在感染早期发挥作用。
