具体要看你是申请哪一门课程的免考。
1、如果是使用证书申请课程的免考，如计算机等级证申请免考计算机课程，英语等级证申请免考英语一、英语二等课程：这个可以免考与毕业同时办理的，目前江苏省自考系统已经连接了证书查询系统，只要网上可以根据你的身份证号查询到你的证书课程成绩，那么即可直接凭证书复印件，或者证书准考证复印件办理免考，同时办理毕业登记手续。
2、如果你是用其他专业的课程免考本专业的课程，如公共课，或者其他已经拿到学历的课程免考二专业课程：这个是不可以与毕业同时申请的，一般免考的审核时间要比毕业登记的慢，所以你至少要提前一个考试周期先申请免考，然后才免考审核通过后才可以申请毕业登记的。
