一、首先，办理纳税人携带注销税务登记资料到当地的办税服务厅提交注销申请，领取填写《清税申报表》，若是在当地有缴纳企业所得税的纳税人还须填制《中华人民共和国企业清算所得税申报表》(以及附表)。
该部门人员核对各项资料之后将其推送到相关的注销检查的相关职能部门，同时将该纳税人的清税申请信息提交给主管的地方税务局。
二、其次，税务检查部门在确定申请纳税人没有重大的违法行为之后，将检查报告发回给办税服务厅。办税服务厅将国税部门的检查结果录入税收征管系统，之后传递到主管的地税局，并且通知该申请的纳税人将存在的应纳税款、多退(免)税款和滞纳金、罚款等款项全部结清。
纳税人携带发票领购簿、未开具的空白发票与税控设备到办税服务厅，窗口工作人员把已经开具的发票验旧、没有开具的发票缴销、收回发票的领购簿和税控设备，来确保票款两清无遗漏。
三、最后，部门税务人员按照国税、地税的清税结果，确认纳税人已结清所有税务事项之后，把纳税人在税收征管系统内的信息做注销处理，并且向纳税人出具《清税证明》，此证明为一式三份，纳税人一份，其可以凭《清税证明》去办理工商登记注销。
税务机关将同时将清税信息推送到工商、质检、国税喝地税等相关部门的信息共享交换平台中。
扩展资料：
三证合一后注销税务登记办理需要的材料
1、注销税务登记申请表(一式一份);清税申报表(一式三份，税务机关二份，纳税人一份)(已经领取“一照一码”新版营业执照的纳税人提供)。
2、董事会(职代会)或主管部门的决议以及其他有关证明文件的原件及复印件。
3、营业执照被吊销的需要提交工商部门发放的吊销决定的复印件以及原件，破产企业需要提供企业破产清算裁定书。
4、税务机关原核发的国税税务登记证(正、副本)。 (已经领取“一照一码”新版营业执照的纳税人除外) (已发放电子税务证照的不需提供)(如证件丢失，可以凭纳税人的丢失声明去办理) (已经领取“一照一码”新版营业执照的纳税人除外 )。
5、增值税一般纳税人提供防伪税控系统金税卡、IC 卡或金税盘、报税盘。一般纳税人还应提供税控盘、报税盘。(增值税一般纳税人需提供)。
6、企业清算所得税申报表及附表。
纳税人申请办理注销登记前，须对下列注意事项进行清理
1、清理发票
(1)纳税人携带《发票领购簿》和未使用完毕的空白发票，连同填妥的《发票缴销登记表》，办理缴销发票手续。
(2)对各类需要验旧供新的发票，企望港纳税人必须携带验旧发票进行验旧。
2、最后一期税款申报和清理期税：独立核算的纳税人要在清理发票后需及时申报与清缴应纳的税款、罚款、滞纳金和欠税。
3、其他清理事项。
相关注意事项
税务简易注销是指已实行“三证合-”、”一 照一 码” 登记模式的企业在办理清税申报时，如风险等级低，可当场办结，省去了原先的调查巡查环节。
税务机关应当分类处理纳税人清税申报，扩大即时办结范根据企业经营规模、税款征收方式、纳税信用等级指标进行风险分析，对风险等级低的当场办结清税手续。
税总函[2015] 482号对企业的清税申报(原税务注销登记)有关工作流程做了简化。 税务方面，改革后”三证合一”企业的税务注销消失，取而代之的是清税申报，作为工商注销的前置程序，它担负的是结清企业税务事项，出具清税证明。
”三证合一 ”企业当场办结的清税申报只适用于特定企业。税务方面针对的是已实行”三证合一”、"一照-码”登记模式且风险等级低的企业。
三证合一后，对于税务机关认定存在涉税疑点的企业，申报清税可委托具备资格的税务师事务所对其生产经营期间的纳税情况进行审查鉴证，并出具《企业注销清税鉴证报告》，企业办理注销清税申请时，附送税务中介机构涉税鉴证报告。
并以此作为企业结清应纳税款、多退(免)税款、 滞纳金和罚款的依据，用以取得税务机关向纳税人出具《清税证明》。
登记税款清算鉴证报告，是对企业注销税务登记时涉及的企业历年度各税种进行税款清算审核鉴证，目的是证明企业在办理注销税务登记时其所涉及到的税款是否已经全部缴讫。
在办理注销清税申请时，应提交《企业注销税务登记鉴证报告》，即应委托税务师事务所对本单位近3年国、地两税征管的各项税费进行全部审核，并出具鉴证报告。
在办理企业注销税务登记时，对于能够提供具备资格的税务师事务所出具的《企业注销税务登记税款清算鉴证报告》的，且报告内容显示纳税人近3年(税务登记时间未满3年的，从登记之日起计算)无少缴税款；
或虽有少缴税款但纳税人已依法足额补缴税款的，主管税务机关不再进行税款清算检查(或评估)，由受理部门]审核后直接核准注销登记(正在查处的涉税违法违章案件的纳税人除外)。
参考资料来源：国家税务总局-关于落实“三证合一”登记制度改革的通知
