你说的不是个国籍问题，而是区际居民身份的问题，也就是大陆居民身份和香港居民身份的冲突。因为即使成为香港永久居民，你妈妈期间没有获得其他国籍，那么就一直是中国国籍。而且对于国籍这一块，法律规定都比较清楚，不应该是法律障碍。障碍的是取消大陆居民身份，获得香港居民身份后又要重新成为大陆居民的问题，这一块法律确实没有明确规定，所以要等公安部回复了。
香港入境法我记不太清楚了，但操作起来的话首先你妈妈要放弃香港居留权，这一块可以通过声明之类的处理，香港入境处处理后转介内地公安局重新办理户口。无论如何，需要两地机关协调，虽然貌似是小问题，实际操作起来问题多多。
我不知道你妈妈为什么一定要拿回内地户口。香港居民也是可以在内地居住的，你妹妹没有被批准，就一直保留内地的各种待遇。除非你还考虑社保什么的，否则不需要强求变回去吧？
