港闸区的前身是原南通市郊区，1991年市区行政区划调整，将原南通县的陈桥乡、幸福乡和秦灶乡，原城区管辖的唐闸镇、天生港镇划郊区管理，将郊区所辖的任港乡、钟秀乡、八厂乡、狼 山乡划归城区管辖，经国务院批准，将郊区更名为港闸区。1993年设立港闸经济开发区，1996年秦灶乡撤乡建镇，2001年芦泾乡并入闸西乡，港闸区辖四乡（幸福乡、陈桥乡、闸西乡、闸东乡）三镇（唐闸镇、天生港镇、秦灶镇）一个街道办事处（永兴街道办事处）和一个省级经济开发区（港闸经济开发区）。2005年和2009年港闸区再次进行行政区划调整，全区现辖一个省级经济开发区——港闸经济开发区（和永兴街道合署办公），五个街道（天生港镇街道、唐闸镇街道、秦灶街道、幸福街道、陈桥街道）。
1991年5月，经国务院批准，南通市郊区更名为港闸区。
2000年，港闸区辖3个镇、6个乡。 根据第五次人口普查数据：全区总人口224448人，其中：秦灶镇25513唐闸镇25759天生港镇7719闸东乡24233永兴乡28837芦泾乡27648闸西乡27665陈桥乡29454幸福乡27620
2003年行政区划一览：辖1个街道、3个镇、4个乡。（根据江苏省2003年底村及村以上代码整理）
唐闸镇辖：社区居委会（大南、新工房、新华、西洋桥、闸北、疏航桥、公园、大桥、闸港桥）。
天生港镇辖：社区居委会（三八、通燧、泽生、果园、江海）。
秦灶镇辖：村委会（秦灶、桥北、桥东、八里庙、西安桥、袁桥、费桥、秦北）。
闸东乡辖：村委会（闸东、横河、花墙、长岸、尖沟头、高店、新园）。
永兴街道辖：社区居委会（曙光）；村委会（永兴、节制闸、曙光、东港、芦泾港、窑墩坝）。
闸西乡辖：村委会（五星、福利、国庆、八一、新闸、龙潭、爱国、白龙庙）。
陈桥乡辖：村委会（陈桥、陈桥北、树北、育爱、集成、河口、五里树、长路、葆华）。
幸福乡辖：村委会（幸福、管园、文俊、秦西、施店、祖望、花桥、转水、蒋坝）。
港闸开发区
2004年底行政区划一览：
秦灶镇 面积19.63平方千米，人口32122人。 闸东乡 面积14.89平方千米，人口19069人。
闸西乡 面积23.99平方千米，人口28060人。 陈桥乡 面积29.09平方千米，人口27851人。
幸福乡 面积20.48平方千米，人口23469人。
2005年8月，南通市政府《关于调整港闸区部分乡镇行政区划的通知》（通政发[2005]46号），根据省政府《关于调整南通市部分行政区划的批复》（苏政复[2005]54号）：一、同意撤销天生港镇和闸西乡，以原两乡镇所辖区域设立天生港镇街道办事处。办事处驻高墩圩桥西原闸西乡政府。办事处管理5个居民委员会和8个村民委员会。二、同意撤销唐闸镇和闸东乡，以原两乡镇所辖区域设立唐闸镇街道办事处。办事处驻唐闸镇。办事处管理9个居民委员会和7个村民委员会。三、同意撤销秦灶镇，以原辖区域设立秦灶街道办事处。办事处驻秦灶镇。办事处管理8个村民委员会。区划调整后，港闸区辖4个街道、2个乡。
2009年1月，南通市政府《关于调整港闸区部分行政区划的请示》（通政请〔2008〕99号），根据省政府《关于调整南通市部分行政区划的批复》（苏政复[2009]3号）：
一、同意撤销港闸区幸福乡，以其原辖区域设立幸福街道办事处。街道办事处驻幸福居委会，管理1个居委会，8个村委会。
二、同意撤销港闸区陈桥乡，以其原辖区域设立陈桥街道办事处。街道办事处驻河口自然集镇，管理1个居委会，9个村委会。
