大棚空心菜根部上面烂掉可能是茎腐病（软腐病）造成，可通过降湿和喷施药物防治。
病症状表现：
主要危害茎基部或地下主侧根，病部开始为暗褐色，以后绕茎基部扩展一周。
使皮层腐烂，地上部叶片变黄、萎蔫，后期整株枯死，病部表面常形成黑褐色大小不一的菌核。
危害：
茎腐病的病斑向四周迅速扩展，病部渐变褐色，病斑表面出现许多大小不等的小黑点。
木质部变褐坏死，随病部扩展，叶片、叶柄变黄，枯萎，严重时整株枯死。
防治方法：
秋季清扫园地，将病枝剪下集中烧毁，消除病原。
在3-8月份可喷药防治。5月中旬、7月的发病初期分别在易发病的品种上喷施38%恶霜嘧铜菌酯1000倍液或30%甲霜·恶霉灵800倍液或福美双500倍药液。
药物喷洒药物喷扫要求：药物要雾化喷洒从而解决农药残留的问题，国际上通常采用的是烟雾机喷洒。
近年该病上升与部分育种材料抗病性差，耕作栽培条件改变有很大关系。因此，选用抗病自交系，培育抗病杂交种是首要防治措施。
引致茎腐病的病原物都是弱寄生菌，保能侵染生长势较弱的植株。加强栽培管理，合理施肥，合理密植，降低土壤湿度等措施可以使植株健壮，减少茎腐病。
合理轮作，深翻土地，清除病残和不施用未腐熟的有机肥，可以减少田间菌源，达到一定的防治效果。
