微生物有机肥是有机固体废物（包括有机垃圾、秸秆、畜禽粪便、饼粕、农副产品和食品加工产生的固体废物）经微生物发酵、除臭和完全腐熟后加工而成的有机肥料或者有机微生物包膜肥。
主要两大类：
1、农家肥：堆肥，沼渣等。
2、商品生物有机肥：商品化生产的生物有机肥。即农家肥商品化生产后的产物有机微生物包膜复合肥。
有以下优点;
与化肥相比：
1） 微生物有机肥营养元素齐全；化肥营养元素只有一种或几种。
2） 微生物有机肥能够改良土壤；化肥经常使用会造成土壤板结。
3） 微生物有机肥能提高产品品质；化肥施用过多导致产品品质低劣。
4） 微生物有机肥能改善作物根际微生物群，提高植物的抗病虫能力；化肥则是作物微生物群体单一，易发生病虫害。
5） 微生物有机肥能促进化肥的利用，提高化肥利用率；化肥单独使用易造成养分的固定和流失。
与精制有机肥相比：
精制有机肥是畜禽粪便经过烘干、粉碎后包装出售的商品有机肥。
1）微生物有机肥完全腐熟，不烧根，不烂苗；精制有机肥未经腐熟，直接使用后在土壤里腐熟，会引起烧苗现象。
2）微生物有机肥经高温腐熟，杀死了大部分病原菌和虫卵，减少病虫害发生；精制有机肥未经腐熟，在土壤中腐熟时会引来地下害虫。
3）微生物有机肥中添加了有益菌，由于菌群的占位效应，减少病害发生；精制有机肥由于高温烘干，杀死了里面的全部微生物。
4）微生物有机肥养分含量高；精制有机肥由于高温处理，造成了养分损失。
5）微生物有机肥经除臭，气味轻，几乎无臭；精制有机肥未经除臭，返潮即出现恶臭。
与农家肥的相比：
1）微生物有机肥完全腐熟，虫卵死亡率达到95%以上；农家肥堆放简单，虫卵死亡率低。
2）微生物有机肥无臭；农家肥有恶臭。
3）微生物有机肥施用方便，均匀；农家肥施用不方便，肥料施用不均匀。
4 微生物有机肥与生物菌肥的区别：
1）微生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤促进被土壤固定养分的释放；生物菌肥只含有功能菌，通过功能菌来促进土壤固定肥料的利用。
2）微生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不适合有的土壤环境。
