Grub不是凭空产生的，需要专门安装（制作PE的软件可能附带了这个功能）。看你的情况是要玩Windows了，可以将U盘格式化为FAT系列文件系统（不需要作额外处理），然后安装grub4dos（有Windows/DOS下的图形/文本安装工具），把ISO映像中的文件解包到U盘，在U盘根目录下编辑 menu.lst 文件，用 chainloader 命令引导PE系统就可以了（在文件开头附近加一行timeout = X，X为自然数）。
U盘量产模式跟Grub关系不大，它们的作用发生在计算机启动的不同阶段，如果计算机不支持USB-HDD或USB-ZIP，那无论如何修改Grub都是没用的。
我猜你是看到ISO映像在虚拟机下的启动画面，希望它能出现在U盘上。只要不是把U盘量产为光盘，就没法直接用光盘上的Grub程序，只能另外安装。
其实完全可以把ISO中的menu.lst(或其他名字)提取出来，改成其他名称（下面用的是win2003.lst），将U盘上的某个分区设为可引导分区（U盘多分区有点风险），然后在可引导分区中创建一个menu.lst：
timeout = 5
title Win2003
configfile /win2003.lst
就可以了（win2003.lst文件可能要稍作修改，特别要留意设备号）。
也可能是其他名字，一般是lst或cfg后缀。你确定光盘上的是Grub，而不是isolinux？
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