首先，两者的目标不同
简单来说吧，，
财务报表审计，目标主要集中在报表层次，看采集会计信息时，数额、科目等等有没有记录错误，科目有没有用错，勾稽关系对不对；有没有按照准则的要求去列报，符不符合规范。比方说，固定资产有没有及时计提折旧，折旧有没有按照固定资产的用途计入相应的费用科目。
内部控制审计的目标在于检查企业的内部经营活动是否被妥善地监督了，会不会存在财务造假呢。比如，这个企业的生产订单是否是真实的，会不会是虚构了收入呢。你得去查企业的相关政策和流程，看订单的确认条件、销售部门负责人是谁，需不需要审批，有没有备案，等等。去判断企业的内部控制是不是完善的。
其次，依据也是不一样的。报表层次主要就是报表和凭证附件，内部控制审计还要看企业的SOP（Standard Operation Procedure) 标准运营流程，管理架构等等。
