多伦多大学主要分多伦多市中心的圣乔治校区（St George Campus），也是多伦多大学的主校区。因此，通常所称的“多伦多大学”往往指的是多伦多大学的圣乔治校区。另外两个校区则是分别位于多伦多市中心外的士嘉堡校区（University of Toronto at Scarborough），以及密西沙加校区（University of Toronto at Mississauga）。
三个校区的区别分析：
1. 建校时间上差异很大。主校区有200多年历史，其他校区只有40多年
2. 学分一般不能互转。由于三个校区的录取条件和教学上的差异，其他两个校区的学生基本上是没有可能转到主校区的
3. 可选专业上。其他两个校区比较多的是职业化专业，偏应用性的。在专业的可选性上不如主校区
4. 文凭的含金量上，都是多伦多大学，但是主校区的毕业证认可度要高于其他两个校区。
