（1）A、乙是变形虫，是异养型生物，A错误；
B、乙是单细胞生物，而细胞是生命系统最基本的结构层次，B正确；
C、乙细胞含有成形的细胞核，属于真核细胞，C错误；
D、乙是变形虫，没有细胞壁，属于原生动物，D错误．
故选：B．
（2）图中甲没有以核膜包被的细胞核，而乙有，因此甲属于原核细胞，乙属于真核细胞．
（3）原核细胞和真核细胞最主要的差异是原核细胞无核膜、染色体而乙有；甲只有核糖体而乙还有其他细胞器．
故答案为：
（1）B
（2）甲 乙 甲没有以核膜包被的细胞核而乙有
（3）核膜 染色体 核糖体
