1、编制不同
深圳公务员是国家的公职人员，属于国家行政编制，而深圳职员则是事业单位员工及与事业单位形成聘用关系的员工，属于事业编制。
2、试用期不同
公务员实行任职试用期制，试用期为一年。试用期满考核合格的，正式任职；考核不合格的，另行安排工作。
深圳事业单位首次聘用的职员，可以规定试用期，但试用期最长不超过6个月。试用期包括在聘用期限内。
3、待遇不同
公务员由国家财政负担工资福利，而职员因享受事业编制待遇，分为全额财政拨款事业编制待遇；差额事业编制，由财政进行差额拨款，待遇和收入在一定程度上挂钩；自筹自支事业编制，实际上与企业差不多，待遇和经营状况息息相关。
参考资料来源：百度百科-公务员
参考资料来源：百度百科-深圳市事业单位职员管理办法（试行）
参考资料来源：百度百科-事业编制人员
