不一样，农村合作银行要全部改制为农村商业银行，农村合作银行是在遵循合作制原则基础上，吸收股份制的原则和做法而构建的一种新的银行组织形式，是实行股份合作制的社区性地方金融机构。
农村信用社合作银行主要为社员提供金融服务的农村合作金融机构。不属于农业银行和工商银行，是一个独立的性质的金融机构。
从经济和法律角度讲，每家县联社都相当于一家独立的银行（企业），实际所有人是省政府，省内的县联社共同入股，组建了省联社；从行政角度讲，每家县联社又都是一个管理信用社的行政部门，而省联社又是最高行政部门。因为行政上的地位更高，所以导致经济上省联社也成了县联社的实际管理者。
农商银行和信用社最大的本质区别在于法人。农村信用社采用的是一社一法人的模式，也就是类似于连锁加盟的形式，每个网点自负盈亏。
而改制成农村商业银行的话，就变成了一个法人的形 式，除总行外，其余各机构都不设法人。农信社改制为农商行是大势所趋，对于银行来说是加强管理防范风险，对于储户来说也能享受到更好的服务。
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中国银监会合作金融机构监管部主任姜丽明近日接受记者采访时表示，今后将不再组建新的农村合作银行，现有农村合作银行要全部改制为农村商业银行。全面取消资格股，鼓励符合条件的农村信用社改制组建为农村商业银行。
要在保持县（市）法人地位总体稳定前提下，稳步推进省联社改革，逐步构建以产权为纽带、以股权为联接、以规制来约束的省联社与基层法人社之间的新型关系，真正形成省联社与基层法人社的利益共同体。
姜丽明指出，要打造现代农村银行制度。指导农村信用社优化人力资源结构，着力构建符合小法人特点的公司治理机制，加强流程银行建设，建立全面风险管理体系和符合现代农村金融企业要求的经营机制。要持续加强支农服务能力建设。指导农村信用社在经济欠发达的农村地区，特别是金融机构空白乡镇增设网点，延伸提供服务。
引导优化信贷投向和结构，持续增加涉农信贷投放，切实增加农村资金供给。鼓励和支持在有效防范风险前提下，加大金融服务创新力度，提高服务质量，不断提高农村金融服务的可得性、透明度和便捷性。
姜丽明称，从2010年起，银监会陆续制定实施相关制度办法，推动资格股向投资股转化，支持组建农村商业银行或股份制的农村信用社，同时指导农村信用社引进新的优质合格股东，优化产权结构，改善公司治理。
目前，全国农村信用社资格股占比已降到30%以下，已组建农村商业银行155家、农村合作银行210家，农村银行机构资产总额占全国农村合作金融机构的41.4%。另外，还有1424家农村信用社已经达到或基本达到农村商业银行组建条件。通过改革，农村信用社治理模式已经发生了根本性变化，长期存在的内部人控制问题得到有效解决，机构自身已经形成了深入推进深层次体制机制改革的内生动力。
参考资料来源：人民网--银监会：农村合作银行要全部改制为农村商业银行
