棚户区改造有房产证的按照房产证的进行补偿，其他部分按土地使用证上的面积进行补偿。
根据《中央补助城市棚户区改造专项资金管理办法》第七条 城市棚改补助资金按照各地区城市棚户区改造的征收（收购）面积、征收（收购）户数等两项因素以及相应权重，并结合财政困难程度进行分配。征收（收购）面积、征收（收购）户数两项因素权重分别为30%、70%，根据城市棚户区改造情况，财政部可以会同住房城乡建设部适时调整两项因素权重。
征收（收购）面积和户数，以征收（收购）人与被征收（收购）人签订的征收补偿（收购）协议或者市、县级人民政府作出的征收补偿决定为依据。征收（收购）面积包括住房和非住房建筑面积；征收（收购）户数包括实物安置住房户数（原地安置和异地安置）和货币补偿户数，均为永久安置住房户数，不包括临时安置住房户数。
财政困难程度参照财政部均衡性转移支付测算的财政困难程度系数确定，作为中央财政分配城市棚改补助资金的调节系数。
扩展资料：
《中央补助城市棚户区改造专项资金管理办法》第二条 城市棚改补助资金的补助范围为城市规划区内已纳入省级人民政府批准的棚户区改造规划和年度改造计划的城市棚户区改造项目，不包括城市规划区内的煤矿、垦区和林区棚户区改造项目。
第三条 城市棚改补助资金按照公开、公平、公正、透明的原则分配给实施城市棚户区改造的省、自治区、直辖市、计划单列市（以下简称地区），专项用于纳入补助范围的城市棚户区改造项目征收（收购）、安置、建设以及相关的基础设施配套建设等开支，不得用于城市棚户区改造中回迁安置之外的住房开发、配套建设的商业和服务业等经营性设施建设支出。
参考资料来源：百度百科——中央补助城市棚户区改造专项资金管理办法
