根据上述职责，四川省食品药品监督管理局设16个内设机构：（一）办公室（对外交流合作处）。
承担机关日常政务，负责会议组织、文秘、机要、档案、安全保卫、信访、保密、史志和行政后勤管理、局机关及直属单位绩效考核管理等工作；负责局机关外事工作，组织对外合作与交流。（二）综合协调处。
承担食品安全监管有关部门和市（州）人民政府履行食品安全监督管理职责的考核评价工作职责；承担食品、药品、医疗器械、化妆品监督管理重大问题的调查研究，并提出相关政策建议，起草重要文稿；承担省食品安全委员会办公室日常运行的具体工作。（三）政策法规处（行政审批处）。
参与起草食品、药品监督管理的有关地方性法规、规章草案；负责本部门依法行政工作，落实行政执法责任制；负责机关行政规范性文件的合法性审核及有关备案工作；规范行政执法行为，承担行政执法监督、行政复议、行政应诉有关工作，推动完善行政执法与刑事司法衔接机制；负责食品、药品、医疗器械、化妆品有关的行政审批工作。
（四）食品生产监管处。
负责生产环节的食品安全监管；拟订生产环节食品安全管理规范并监督实施；承担生产环节食品安全状况调查和监测工作；掌握分析生产环节食品安全形势、存在问题并提出完善制度机制和改进工作的建议。
（五）食品流通监管处。
负责流通环节的食品安全监管；拟订流通环节食品安全管理规范并监督实施，承担流通环节食品安全状况调查和监测工作；掌握分析流通环节食品安全形势、存在问题并提出完善制度机制和改进工作的建议。
（六）餐饮服务监管处。
负责餐饮服务环节的食品安全监管；拟订消费环节食品安全管理规范并监督实施，承担消费环节食品安全状况调查和监测工作；掌握分析餐饮服务环节食品安全形势、存在问题并提出完善制度机制和改进工作的建议。
（七）食品风险监测处。
负责食品安全统计、数据库建立和数据分析；参与制定食品安全风险监测计划，并根据计划开展食品安全风险监测，组织开展食品安全风险预警和风险交流；编制食品安全年鉴、食品安全状况报告及形势分析报告。（八）药品化妆品注册管理处（中药民族药监管处）。
监督实施国家药品、药用辅料标准，负责直接接触药品的包装材料和容器产品目录、药用要求、标准及注册的现场核查；制定化妆品安全监管工作规则并指导实施，负责化妆品安全的监测、分析、预测与评价工作；监督实施非处方药物目录、药物非临床研究及药物临床试验质量管理规范；负责药品再注册以及不改变药品内在质量的补充申请核查；实施中药品种保护制度，组织拟订中药材（含藏药材）标准和中药饮片（含藏药饮片）炮制规范；指导全省药品、直接接触药品的包装材料、容器的检测机构、技术审评认证机构业务和新药开发工作。
（九）医疗器械监管处。
监督实施国家医疗器械标准和分类管理；监督实施医疗器械生产、经营许可和产品注册；
负责第二类医疗器械产品注册；负责国产第三类医疗器械不改变产品内在质量的变更申请。监督实施医疗器械临床试验、生产、经营质量管理规范；组织实施医疗器械日常监管工作，指导医疗器械检测和技术审评认证机构的业务，组织开展评价性质量抽查检验和医疗器械不良事件监测、再评价、淘汰工作。
（十）药品化妆品生产监管处。
负责全省药品、化妆品生产和医疗机构制剂的日常监管工作；组织实施处方药与非处方药的分类管理和基本药物目录管理制度；组织实施药品不良反应监测及合理用药工作；监督实施中药材生产、药品生产、化妆品生产、医疗机构制剂等质量管理规范；依法监管放射性药品、麻醉药品、精神药品、毒性药品及特种器械；掌握分析药品、化妆品生产环节安全形势并提出完善制度机制和改进工作的建议。
（十一）药品化妆品市场监管处。
负责互联网药品、化妆品交易服务行为和信息的监督工作，指导和实施农村药品供应网、监督网建设；监管中药材集贸市场的药品质量；掌握分析药品、化妆品流通环节安全形势并提出完善制度机制和改进工作的建议。
（十二）应急管理处。
推动食品药品安全应急体系建设，组织编制应急预案并开展演练，承担食品药品安全事故应急处置和调查处理工作，指导协调市（州）食品药品安全事件应急处置工作；组织实施问题食品药品召回制度；负责食品药品安全举报受理工作；组织查处重大食品药品安全违法行为。
（十三）科技与宣传处。
组织实施食品药品监督管理科技项目，推动食品药品检验检测体系、电子监管追溯体系和信息化建设；贯彻国家食品安全检验机构资质认定的条件和检验规范；参与制订食品安全地方标准；拟订食品安全信息统一公布制度，承担食品药品安全科普宣传、新闻和信息发布工作；
负责药品、医疗器械、保健食品广告内容审查工作，定期发布有关违法广告公告和相关质量公告。（十四）规划财务处。
拟订食品药品安全发展规划、基本建设和装备规划并组织实施，承担机关和直属单位预决算、财务、国有资产管理、财政资金绩效考评及内部审计工作职责；承担机关政府采购及直属单位的政府采购监管工作。（十五）人事处。
负责机关和直属单位的人事管理、机构编制、劳动工资等工作；拟订干部教育培训规划并组织实施；协助有关部门做好执业药师资格考试工作；严格执行执业药师资格准入制度，负责执业药师注册工作；负责因公出国（境）人员政审报批工作。
（十六）离退休人员工作处。
负责机关离退休人员工作，指导直属单位离退休人员工作。（十七）机关党委。
负责机关及其直属单位的党群工作。其办事机构的设置方式，由省食品药品监管局党组按照省委规定确定。2013年8月新组建的四川省食品药品监督管理局设有两个办公区，一处位于青羊区玉沙路98号（原四川省食品药品监督管理局所在地），另一处位于青羊区东城根南街30号（原四川省食品安全委员会办公室所在地），目前，两个办公区均都挂上了“四川省食品药品监督管理局”、“四川省食品安全委员会办公室”两块牌子。新组建的省药监局设16个内设机构，其中食品生产监管处、食品流通监管处、应急管理处、科技与宣传处、综合协调处5个处室设在青羊区东城根南街30号的办公区，其余11个处室设在青羊区玉沙路98号的办公区。 1、四川省食品药品稽查总队
2、四川省食品药品安全监测及评审认证中心
3、四川省食品药品检验检测院
4、四川省食品药品学校
5、四川养麝研究所
