根据初步规划，厦漳海底隧道起于厦门火车站附近，连接成功大道，南止于漳州开发区南炮台。厦漳大桥则起自海沧马青路院前，止于漳州龙海后宅。从地图上看，二者的出口都在漳州开发区。
厦漳海底隧道是继厦漳跨海大桥之后，联络厦门和漳州之间的第二条海上通道。根据规划，厦漳海底隧道两端分别连接漳州开发区与厦门本岛，并与规划中的厦漳城际轨道R3线共线，意义重大。
2015年10月13日，国家发改委网站发布关于《福建省海峡西岸城际铁路建设规划（2015—2020年）》的正式批复。据悉，到2020年，我省将陆续开工建设6条城际铁路，其中包括2条厦漳泉大都市区城际铁路：泉州—厦门—漳州城际铁路、漳州—港尾—厦门城际铁路（部分利用港尾铁路改建），线路总长263公里。
R3线将连接漳州中心城区，经过九龙江南岸，连接漳州开发区、南太武新区，主要依托在建港尾铁路改造，通过厦漳海底隧道延伸进厦门火车站，按时速120公里设计，共76公里。
厦漳城际铁路R3线建设工期为48个月。如果在今年年底开工，将于2020年建成通车。届时，两地市区直接互通，漳州到厦门岛内，50分钟内可到达。
R1线将晚于R3线动工，这条铁路长达187公里，是此次批复的6条城际铁路中最长的，将从泉州市泉港区肖厝站，经泉州、厦门至漳州。沿途经过厦漳泉三地二十几个站点，在漳州将串联漳州中心城区、串联角美和漳州台商投资区。铁路设计时速160公里，届时厦漳泉城际往来可以缩短半个小时时间。
“在厦漳泉大都市区，市民出行的需求非常大。”铁路部门相关负责人告诉记者，在线路设计上，2条铁路将重点考虑，让更多市民在家门口就能坐上动车。
漳州市发改委相关负责人称，城际铁路通车后，将进一步推动厦漳泉同城化发展。漳州将受到厦门、泉州等经济较发达地区的辐射，进一步推动第二三产业发展，三地间的人流、物流、信息等也将进一步融合。沿线地区经济发展也将被带动。
