● 指挥部
负责全市公安综合业务领导和行动指挥。
● 政治部
负责全市公安系统组织人事、思想政治、教育培训、队伍建设等工作。
● 后勤保障处
统一管理市局内设和直属机构（警校、交警及消防支队除外）的经费，管理全局国有资产、公安装备、基本建设，管理后勤服务及社会化服务监管工作。
● 监察处
负责全市公安系统的党风廉政建设、纪律教育和纪检监察工作。
● 审计处
负责各级公安机关资金管理和使用情况以及全局副处级以上领导干部经济责任的审计工作。
● 警务督察处
负责对全市各级公安机关及人民警察依法履行职责、行使职权和遵守纪律等事项进行现场督察。
● 出入境管理处
负责我市公民因私出国、赴港澳台探亲、旅游、留学、定居的审批及发证工作。
● 人口管理处
负责指导和监督全市常住人口、外来人口管理及全市居民身份证、临时身份证、少年儿童证、暂住证、户口簿研制工作。代管：特种证件研究制作中心。
● 科技通信处
负责全市公安科技工作的规划、建设、宣传和管理。
● 警卫处
负责党和国家领导人、重要外宾在深圳经过、停留期间的警卫工作。
● 市直机关保卫处
负责市委、市政府、市人大、市政协、市纪委等机关办公场所的安全保卫工作。
● 法制处
负责审核本局草拟的地方性公安法规、规章及其他规范性文件，指导、监督全市公安机关行政执法和刑事执法工作。
● 警察公共关系处
负责组织、协调、指导和管理全市公安机关对外宣传工作。 ● 经济犯罪侦查支队
主管全市经济领域犯罪案件的侦查工作，包括金融诈骗犯罪、破坏金融管理秩序犯罪、公司犯罪、破坏市场秩序和知识产权犯罪、出口退税犯罪、偷逃抗税犯罪以及其他重大经济犯罪案件的侦查等。
● 刑事警察支队
主管全市刑事侦查工作，包括侦查杀人、伤害、强奸、抢劫、盗窃、爆炸、纵火、投毒、破坏生产等重特大案件，侦查涉黑、绑架、恐怖活动等有组织犯罪案件，侦查重特大盗抢机动车案件、非涉税走私案件，侦查重特大制造、贩运、走私、买卖毒品案件等。
● 交通警察支队
负责全市交通管理工作，包括122接处警、交通安全法规宣传、道路交通秩序管理、交通事故处理及特大交通事故现场的紧急拯救、交通安全设施管理、机动车检审和驾驶员考验、非机动车管理、停车场地（包括道路停车）管理等。
● 消防支队
主管全市防火灭火、抢险救援工作，包括119接处警、消防法规宣传、防火安全监督、建筑工程的消防审核、火灾事故的扑救和调查等。
● 治安巡警支队
负责全市治安防范和治安管理工作，组织协调各类大型活动安全保卫工作，依法审批集会、游行、示威申请和管理危爆物品，检查、指导重点单位的内部治安保卫工作，对保安服务行业和作业人员实施管理，主管全市治安巡察工作，包括统筹规划全市巡警的业务工作、管理全市巡警巡察勤务工作，开展执法监督检查，对各巡警大队治安巡查工作进行机动增援。
● 预审监管支队
负责市看守所、拘留所、收容教育所、强制隔离戒毒所的管理工作即被监管人员的管理和教育工作。代管：市收容教育所、市强制隔离戒毒所。
● 特警支队
负责对突然发生的特别重大的暴力犯罪、大型群体事件依法实施非常措施和特殊办法进行现场处置。
● 警察机动训练支队
负责全市新招录民警训练和在职民警警衔晋升培训、岗位专业技能训练等工作。
● 打击涉电违法犯罪中心
深圳市打击涉电违法犯罪中心成立：
2013年1月14日，深圳市“三电”办（市公安局打击盗窃破坏电力电信广播电视设施犯罪专项行动领导小组办公室）、市护电办（市保护电力设施和打击窃电行为管理办公室）联合组织召开全市防范和打击涉电违法犯罪中心成立暨警电联合打击涉电违法犯罪联席会议。
为切实贯彻落实省公安厅《关于建立我省防范和打击涉电力违法犯罪工作机制的通知》精神，进一步强化防范和打击涉电违法犯罪行为，保障国民经济和电力事业的健康发展，深圳供电局与深圳市公安局决定联合成立防范和打击涉电违法犯罪中心（下设办公室在市公安局），以实体机构运作的模式统筹警电双方资源共同开展联合护电工作。
