北京大学哲学系、宗教学系是二者合一的教学院系。北京大学哲学系始建于1912年(壬子年)，于1914年开始招生，是我国高等学校中最早成立的哲学系。创建之初为北京大学文科哲学门，亦称"中国哲学门"，1919年更名为哲学系。历史上，著名学者蔡元培、胡适、蒋梦麟、熊十力、唐钺、邓以蜇、汤用彤、梁漱溟、金岳霖、冯友兰、宗白华、朱光潜、冯定、陈康、贺麟、沈有鼎、洪谦、张岱年、胡世华等先后在这里执教。北京大学宗教学系成立于1995年，是中国最早的宗教学系，现已成为国内一流、国际著名的宗教研究重镇。北京大学哲学系和宗教学系合并招生，共同培养。
1912年，北大哲学系的前身"哲学门"正式建立，1914年起正式招生，是中国最早的哲学系，标志着现代中国哲学学科的开端。
1937年，由于日本发动全面的侵华战争，哲学系随校内迁，在云南昆明与清华、南开的相关科系合组为西南联合大学哲学系。抗战胜利后，1946年北大复校，哲学系也随校北上，恢复为北大哲学系。
1952年全国院系调整，部分高校哲学骨干教师汇入哲学系，进一步壮大了哲学系的阵容。1978年，心理学专业从哲学系分出，独立成为心理学系。
1978年以来，哲学系在改革开放的环境里快速发展，学科门类逐步完备，教师配备渐趋合理，图书资料日益丰富，科研条件极大改善。
1981年，马克思主义哲学、中国哲学、外国哲学、逻辑学、美学成为第一批博士学位授权点。
1988年，马克思主义哲学、中国哲学、外国哲学等三个学科被评为国家重点学科。
1994年起列为国家文科基础学科人才培养和科学研究基地。
1995年，宗教学系成立。
1998年被国务院学位委员会批准为哲学一级学科博士点，在哲学的全部8个二级学科(马克思主义哲学、中国哲学、外国哲学、逻辑学、伦理学、美学、宗教学、科学技术哲学)招收博士和硕士研究生。1999年经教育部批准设立哲学学科博士后流动站。
2002年，马克思主义哲学、中国哲学、外国哲学、美学等四个学科被评为国家重点学科。
由于学科发展的需要，1995年9月宗教学由原来与哲学、逻辑学并列的专业独立成系。按照一种新的办学模式，宗教学系与哲学系联体运作，以求协力发展。
北京大学哲学系对20世纪中国哲学的发展起了重大的推动作用，并且还将在21世纪对人类文明继续作出应有的贡献。
