贞观十七年（643）二月，就在李承乾紧锣密鼓地策划政变时，太宗第五子齐王李佑反于齐州（今山东历城）。李承乾闻讯后得意洋洋地对纥干承基说：“太子宫的西墙，距皇宫只不过二十步，跟我共同创造大业，齐王怎能相比？”
齐王佑的叛乱被迅速平定，在审问谋逆案件时，牵连到李承乾的亲信纥干承基。四月初一，纥干承基在传讯中供出了李承乾密谋发动政变的方案。太宗大为震骇，立即指定司徒长孙无忌、司空房玄龄、特进萧瑀、兵部尚书李世绩，会同大理、中书、门下组成专门法庭进行调查审判。这个专门法庭几乎汇集了当朝所有的高级官员，可见太宗对调查太子是否谋反一事的重视。专门法庭经过调查，认定谋反证据确凿。太宗问侍从官员说：“怎么处置李承乾？”没有人敢回答，通事舍人来济建议说：“陛下仍然是慈父，太子得以终其天年，当属最好的结局。”太宗接受了这个建议。
四月初六，唐太宗下诏罢黜太子李承乾，贬作平民，囚禁于右领军。又于贞观十七年九月初七将李承乾流放到黔州。李承乾到了黔州没多久，便猝然死去。
