一是缺乏统筹城乡的医疗保障制度。长期以来，我国农村人口平均占有的卫生资源大大低于全国平均水平，无法满足广大农民的医疗要求，形成了城乡卫生资源配置的不平衡。此外，我国的医疗保障制度建设也一直是城乡分离的，重城市、轻农村，但随着城市化进程的加快，这种城乡分治的格局受到了严峻挑战。城乡卫生资源的不合理配置以及城乡一体化进程加速之间的矛盾，不可避免地使得大量的城市流动人口成为医疗保障制度新的未覆盖人群。而这些人群是我国未来新型城镇人口的主要组成部分，更是社会和谐和安定的重要因素。因此，必须统筹城乡医疗卫生的发展， 弥补医疗保障制度的空白点，建立覆盖城乡全民的医疗保障制度。
二是缺失社会医疗救助的制度安排。改革开放前，我国城镇机关事业单位中的职工实行公费医疗制度，企业实行劳保合同医疗制度;农村则实行发展程度不同的合作医疗制度。因此，当时的医疗救助呈现出两个明显的特点: 一是对贫困人口的医疗救助包含在社会救济中，没有专门的医疗救助基金; 二是医疗救助基本上实行由单位统管的保障制， 而社会救助(包括社会医疗救助)的对象主要是无法定抚养人、无劳动能力、无可靠收入来源的“三无”人员和某些特定原因被遗弃在单位保障制度之外的居民，其救助管理部门在城市主要是街道办事处和居民委员会，在农村则是由生产队和生产大队负责救助。随着社会经济的发展，目前需要医疗救助的人群还包括城市居民最低生活保障对象中未参加城镇职工基本医疗保险人员、已参加城镇职工基本医疗保险但个人负担仍然较重的人员、贫困人口的医疗救助和其他特殊困难群众， 这部分困难城市居民自我保障的能力还比较差，尤其是“看病难”的问题还比较突出。针对这种现象以及在我国经济向市场经济转型过程中出现的新的贫困人口变化的新特点，我国应建立专门针对贫困人口的医疗保障机制即建立社会医疗救助制度， 该制度是社会医疗保障制度的重要组成部分。
