但吴承恩著《西游记》说，也有质疑处。一是今存吴承恩诗文及其文友的文字中从未提及撰写《西游记》事；二是《淮安府志》虽载在吴承恩著《西游记》，但未说明是演义、稗官，且通常说演义稗官不入方志；三是清人书目曾把吴承恩著《西游记》列入舆地类。
因此，曾几何时，一方面有论者又重新提出小说《西游记》邱作说，或是邱的弟子和传人所作说；另方面也有论者提出《西游记》非吴承恩所著。
按，《西游记》多有道教内容，兼载有道家的诗句；而且《西游记》是经过长期演变，最后由文人加工定型，这当中不能绝对排斥曾有道教徒参与过修改。从另一方面看，对吴著说持疑者也只是点到为止，既缺少根据，也未提出别人来代替吴承恩。现在看来，回归邱作说，可能性不大；而否定吴著说，也难驭。
