电影《祈祷落幕时》的剧情分男女主两条线，故事挺耸动的。
阿部宽饰演加贺恭一郎：他妈妈有当坐台小姐的黑历史，结婚生子后遭遇婆家羞辱，患上抑郁症，在他10岁时离家出走，隐居在外地一家餐厅就职，和一个神秘男子相爱，多年后死于心脏衰竭，神秘男子随即人间蒸发；餐厅老板娘通知了男主来领骨灰，男主是个刑警，为了追索妈妈生前往事，他花了16年找寻神秘男子。
松岛菜菜子饰演浅居博美：她妈妈婚内出轨私奔，留下大笔债务，爸爸为了躲债带着14岁的她出逃，她想做援交赚外快但失手杀了人，爸爸把尸体毁容伪装为自杀的自己，冒用死者身份大隐于市，让女儿成为孤儿得到政府照顾，父女分离，相约偷偷见面；爸爸知道女儿和老师谈了师生恋，老师撞见了没死的他，他杀了老师灭口；多年后，女儿成为了舞台剧导演，一个昔日女同学找去告知她母亲的下落，并撞见了女主爸爸，女主爸爸又把女同学杀了。
女同学的尸体曝光，警方立案搜查，男女主的故事逐渐交织在一起：男主妈妈的神秘恋人就是女主的爸爸。
知道真相的女主，为了解爸爸已逝的恋人，她主动接近男主，这给男主走进死胡同的破案思路带来了转机：走逻辑、动机破案的路子迟迟找不到突破，转变为从“情”入手，则逐渐抽丝剥茧。
其实男主妈妈和女主爸爸在暮年岁月是真心相爱的，如果他们结婚了，男女主就成兄妹了。
女主爸爸杀了女主同学后，多年逃亡积累的压力让他觉得生不如死，而且女儿现在也事业有成，为了永远不让黑历史曝光，保护女儿的前途，他决定自焚。
女主觉得活活被烧死太痛苦了，决定自己先掐死爸爸，然后烧了爸爸尸体……
女主没有主动投案，但当男主找到证据后，她也坦然接受伏法，并感叹：这么漫长的悲剧，终于要落幕了。
