团员证补办后的注册时间是从入团时间开始的。
入团时间为初领团员证的时间。初次入团即为团员，团员证丢了，若不知道入团时间，只要找到入团志愿书和人事档案即可。
补办具体办理流程：
1、个人证书申请，同时附上团组织关系所在单位证明；
2、学院分团委在申请书上签署意见并盖章;
3、分团委汇总后统一上交至校团委集中办理。
扩展资料：
团员证的主要功能：
证明团员政治身份；接转团员组织关系；方便团员参加团内活动；进行团员年度团籍注册；作为团员超龄离团后的永久纪念。
团员遗失团员证，应及时报告团的组织，在确认无法找回时，由团的基层委员会办理补发手续，并在新证备注栏内加以说明。
团员丧失团籍，团员证应随之注销，不得继续使用。
团的基层委员会应建立与团员证相对应的《团员登记册》，以掌握团员的变化和团员证颁发、转移、注销情况。团的支部和总支，也应建立与团员证相对应的《团员花名册》。
团员入党在预备期内仍有团籍，工作调动时应持团员证转接团的组织关系。
团员入党转为正式党员后，如果没有担任团内职务，不再保留团籍。团的基层委员会应在其团员证“备注”栏内注明该同志转为中共正式党员的时间，并加盖公章。
团员年满二十八周岁办理超龄离团手续时，团的基层委员会应在其团员证“团员超龄离团”栏内注明该同志的超龄离团时间，并加盖公章。
团员入党转为正式党员或团员超龄离团，团员证可以留作永久性纪念，由本人妥为保存，但不得继续使用。
团员证的样式由团中央组织部制订。团员证除统一使用全国通用的汉字外，还有蒙文、维文、藏文、朝鲜文与汉文对照文版。
参考资料来源：中山大学-关于做好发展新团员和团员证补办的通知
参考资料来源：百度百科-团员证
